In der Nachfolge Korbinians gab es 60 Bischöfe von Freising und – nach 1821 – dreizehn Erzbischöfe.
Unter den Bischöfen des Mittelalters ragte
Otto I. von Freising (Bischof von 1138-1158) hervor. Er war nicht nur der berühmteste Geschichtsschreiber seiner Zeit, sondern wirkte auch als Seelsorger, reformierte die Priesterausbildung und sorgte für die pastorale Betreuung des Volkes.
Vornehmster Repräsentant des barocken Freising wurde
Bischof Johann Franz Eckher (Bischof von 1696-1727). Unter ihm wurde der Freisinger Dom von den Brüdern Asam neu gestaltet.
Mit dem Ende der alten Reichskirche war 1803 auch der Abend des Bistums Freising angebrochen. Nach dem Tod des letzten Fürstbischofs Joseph Konrad von Schroffenberg (1789-1803) blieb die Diözese 18 Jahre lang ohne Oberhirten. Mit dem Bayerischen Konkordat von 1817 und der Veröffentlichung der Cirkumskriptionsbulle von 1821 trat das neue Erzbistum München und Freising die Nachfolge der alten Freisinger Diözese an.
Im vorigen Jahrhundert führten die Erzbischöfe ihre Diözese oftmals durch bewegte Zeiten. So leitete
Kardinal Michael Faulhaber (Erzbischof von 1917–1952) die Kirche durch die schwere Zeit des Nationalsozialismus.
Kardinal Joseph Wendel (Erzbischof von 1952–1960) richtete erstmals in München den Eucharistischen Weltkongress 1960 aus, den ersten internationalen Kongress in Deutschland nach dem II. Weltkrieg.
Kardinal Julius Döpfner (Erzbischof von 1961–1976) war der Vorsitzende der Deutschen Bischofskonferenz, Moderator des Zweiten Vatikanischen Konzils und Präsident der Würzburger Synode.
Kardinal Joseph Ratzinger (Erzbischof von 1977–1982), ein international renommierter Theologe, wurde 1981 von Papst Johannes Paul II. zum Präfekten der Römischen Glaubenskongregation ernannt. Am 19. April 2005 wurde Joseph Ratzinger zum Papst gewählt. Er gab sich den Namen Benedikt XVI.
Seit 1982 war
Kardinal Friedrich Wetter (Erzbischof von 1982-2008) Oberhirte des Erzbistums München und Freising. Er leitete bis zur Bestellung eines Nachfolgers das Erzbistum im Namen des Papstes als Apostolischer Administrator mit allen Rechten und Vollmachten eines Diözesanbischofs. Mit dem Amtsantritt von Erzbischof Reinhard Marx am 2. Februar 2008 endete nach 25 Jahren seine Amtszeit.
Die früheren Erzbischöfe in der Übersicht:
Lothar Anselm Freiherr von Gebsattel (Erzbischof von 1821-1846)
Karl August Graf von Reisach (1846-1856; gest. 1869)
Gregor von Scherr (1856-1877)
Antonius von Steichele (1878-1889)
Antonius von Thoma (1889-1897)
Franz Joseph von Stein (1898-1909)
Kardinal Franziskus von Bettinger (1909-1917)
Kardinal Michael von Faulhaber (1917-1952)
Kardinal Joseph Wendel (1952-1960)
Kardinal Julius Döpfner (1961-1976)
Kardinal Joseph Ratzinger (1977-1982, 1982-2005 Kurienkardinal, zum Papst gewählt am 19. April 2005)
Kardinal Friedrich Wetter (1982-2008)