In Sankt Michael hat der unglückliche Hochadel seine letzte Ruhe gefunden: Vorne links steht das große Grabdenkmal für Napoleons Adoptivsohn Eugene de Beauharnais.
Schräg gegenüber führt eine Treppe hinab in die Fürstengruft. Dort liegt der legendäre König Ludwig II. von Bayern. Er trug zwar eine Krone, glücklich war er damit aber nicht.
Über seinen Tod im Starnberger See wird bis heute spekuliert. Sein Bruder und Nachfolger Otto war psychisch krank und übte die Regierungsgeschäfte niemals aus.
Über ihnen wölbt sich einer der bedeutendsten Kirchenräume nördlich der Alpen. Ein Kunsthistoriker hat Sankt Michael einmal den "ersten Beitrag Münchens zur Weltarchitektur" genannt.
Eine Klasse für sich ist die Musik in Sankt Michael, Orchestermessen von Mozart, Schubert und anderen Komponisten werden dort traditionell regelmäßig gespielt. In der Kirche erinnert auch eine Tafel an den seliggesprochenen Pater Rupert Mayer. Der NS-Gegner war ein häufiger Prediger in Sankt Michael. Am Fest Allerheiligen 1945 erlitt Pater Rupert Mayer während der Predigt bei der Morgenmesse in der Kreuzkapelle der Münchner St. Michaelskirche einen Schlaganfall. In liturgischen Kleidern wurde er vom Altar getragen. Er war nicht umgefallen. Er erhielt noch die letzte Ölung und verstarb 2 1/2 Stunden später ohne das Bewusstsein nochmals erlangt zu haben.