Die erste Orgel wurde im Jahre 1946 in St. Otto installiert. Sie hatte ein pneumatisches System, eine Technik des 19. Jahrhunderts, bei der die Bewegung von den Tasten zur Pfeife pneumatisch führte. Dieses System und die ganze Orgel waren aber nach fast 50 Jahren veraltet und man beschloss einen Orgelneubau.
Am 20. November 1993 wurde das neue, jetzt mechanische, Instrument des Orgelbauers Graf Hubertus von Kerssenbrock aus Grünwald eingeweiht. Sie ist zwar eine neue Orgel, doch verkörpert sie ein nahezu barockes Klangidiom. Sogar die Traktur (Spieltechnik) ist sehr leichtgängig gemacht und eignet sich besonders gut für das Spielen barocker Orgelliteratur. Verzierungen und verspielte Effekte gehören ebenso zu diesem Stil und so findet sich auch in der Orgel von St. Otto ein Nebenregister, das den Gesang einer Singdrossel imitiert.
Die farbliche Gestaltung des Orgelgehäuses übernahm der Restaurator Erwin Wiegerling, Gaißach. Im Jahr 2006 erfolgte eine Generalüberholung der gesamten Orgel durch den Orgelbaumeister Christoph Kaps aus München. Seitdem bringt die Orgel die erwartete Leistung und Tonqualität und ist ausreichend robust gegenüber Temperaturschwankungen und Witterungseinflüssen.
Weitere Informationen, die Disposition, Klangbeispiele wie viele Bilder finden Sie im
Orgelatlas.
Seit November 2023 gibt es zudem neue Schleierbretter an der Orgel von St. Otto, außerdem wurden die Registerbeschriftungen erneuert.