Die große Ausdehnung der Pfarrei St. Otto und der ständige Zuzug nach Ottobrunn machten die Errichtung einer zweiten Seelsorgestelle notwendig. Der seit 1952 in Ottobrunn tätige Kaplan Alexander Siebenhärl übernahm 1959 als Kurat diese Aufgabe. Der neue Sprengel umfasst das Gebiet der Gemeinde Ottobrunn östlich der Bahnlinie und Riemerling. Westlich der Bahnlinie bildeten die Ottostraße und die Rosenheimer Landstraße die Grenze. Die Kirche St. Magdalena wurde nach den Plänen von Architekt Albrecht Busch erbaut. Der Kirchenraum versinnbildet den Abendmahlsaal. Am 27.11.1960 wurde sie von Kardinal Joseph Wendel geweiht. Bereits 1963 erfolgte die Pfarrerhebung. Ihr Pfarrer Alexander Siebenhärl war der erste Dekan des 1971 neuerrichteten Dekanates Ottobrunn und war seit 1982 Geistlicher Rat. Im Jahr 2008 ist Alexander Siebenhärl gestorben. Wegen seiner großen Verdienste um die beiden Gemeinden haben die Gemeinderäte von Ottobrunn und Hohenbrunn kurz nach seinem Tod entschieden, den Weg von Ottobrunn nach Hohenbrunn entlang der S-Bahn „Pfarrer-Siebenhärl-Weg“ zu nennen.
Mit der Besiedelung des etwa 1970 entstandenen großen Wohngebietes „an der Ottosäule“ wurde in Ottobrunn eine dritte Kirche notwendig. Ab 1.1.1971 gab es die Seelsorgstelle „Ottobrunn III – Ottosäule“. Kurat Herbert Rauchenecker engagierte sich sehr beim Aufbau der neuen Gemeinde. Die Trennungslinie zur Mutterpfarrei St. Otto wurden die Edelweiß-, Gutenberg- und Rosenheimer Landstraße. Die ersten Gottesdienste fanden zuerst in der Schule III, dann in einer Behelfskirche statt. Am 2.10.1977 wurde die nach Plänen von Prof. Hubert Caspari errichtete Kirche St. Albertus Magnus von Kardinal Joseph Ratzinger geweiht. Kurz zuvor erfolgte die Erhebung zur Pfarrei. Der erste Pfarrer Herbert Rauchenecker leitete die Pfarrei noch bis 1979.
Nachdem die Katholiken aus der ersten Notkirche bei der Schwaige ausgezogen waren, benutzte die erste evangelische Gemeinde dieses Provisorium als Gottesdienstraum. 1923 siedelte sie in das Nebenzimmer der Turnhalle an der Gartenstraße um. Aus dieser Turnhalle wurde 1928 „die evangelische Waldkirche“. Mit Stadtpfarrer Ernst Borger bekam die Gemeinde ihren ersten eigenen Seelsorger. Am 15. März 1964 wurde die nach Plänen von Architekt Steinhauser errichtete Michaelskirche eingeweiht.