1946 bekam die Kirche ihre Orgel. Sie wurde als pneumatische Orgel von der Firma Schuster gebaut. Am 30. Mai 1946 fand die Orgelweihe statt mit Domprediger K. Abenthum, Msgr. G. Götzel, Domkapellmeister L. Berberich und dem Kirchenchor Ottobrunn. Organist an der Orgel war Günter Baldermann. Ein Jahr nach der Orgelweihe begann er als junger Musik-Student den Dienst als Organist und Chorleiter. Im Jubiläumsjahr 1987 feierte er sein 40-jähriges Dienstjubiläum. 1992 beendete er seinen Dienst. 1997 ist er gestorben.
Als Organisten folgten Herrn Baldermann nach:
1.10.1993 bis 31.12.1997: Elisabeth Zawadke
1.10.1998 bis 30.9.2000: Stephan Herzberg, Student
1.10.2000 bis 31.12.2010 waren als Organisten tätig: Berno Scharpf, Dr. Alfons Vannahme, Josefine Klippel, Georg Nützel
1.1.2011 bis 31.8.2016: Christoph Koscielny als hauptamtlicher Kirchenmusiker.
Da die erste Orgel sehr anfällig geworden war, wurde im Jahre 1993 der Bau einer neuen mechanischen Orgel bei der Firma Hubertus Kersenbrock in Auftrag gegeben. Am 20.11.1993 wurde die neue Orgel eingeweiht. Leider stellte sich bald heraus, dass die neue Orgel gegen die wechselnden Temperaturen und Witterungseinflüsse nicht ausreichend widerstandsfähig war. Viele Nachreparaturen erfolgten, die aber alle nicht das erhoffte Ergebnis brachten. Schließlich erfolgte im Jahr 2006 eine Generalüberholung der gesamten Orgel durch den Orgelbaumeister Christoph Kaps aus München. Seitdem bringt die Orgel die erwartete Leistung und Tonqualität und ist ausreichend robust gegenüber Temperaturschwankungen und Witterungseinflüssen.
Die Kirchenmusik begann in Ottobrunn mit dem ersten Gottesdienst am 1. Adventssonntag 1918, bei dem ein eigens bestellter Chor eine lateinische Messe aufführte.
Der erste eigenständige Chorleiter war der Hauptlehrer Johann Kandler. Er versah diesen Dienst von 1921 bis 1933. Die finanzielle Entschädigung war sehr gering und unregelmäßig. Ihm folgte bis 1936 der pensionierte Hauptlehrer Liebl aus Hohenbrunn. Hans Krätz übernahm die Leitung des Chores bis 1943 und Josef Scheibel bis 1947.
Pfarrer A. Ferstl berichtet für die ersten Jahre nach dem 2. Weltkrieg von einer besonders von der Jugend getragenen Pflege des lateinischen und deutschen Chorals und auch des Kirchenliedes allgemein.
Die Singgemeinschaft St. Otto pflegte unter der Leitung von Chordirektor Günter Baldermann mit großem Erfolg sowohl lateinische Tradition als auch die deutschsprachige Kirchenmusik, zu der er als Kirchenmusiker eigene Kompositionsbeiträge schuf. Insgesamt hat er 45 Jahre dieses Amt innegehabt und es mit viel Können und Hingabe ausgefüllt. Neben dem Chor hat er auch ein Streichorchester geleitet, das häufig den Chor musikalisch ergänzte. 1993 übernahm der Volksschullehrer Herr Peter Graßold die Leitung des Chores. Herr Graßold ist schon seit seiner Kindheit mit St. Otto verbunden. Bei allen Hochfesten im Jahr, zum Patrozinium, dem Erntedankfest, in der Adventszeit und bei vielen anderen Anlässen wird der Gottesdienst von der Singgemeinschaft St. Otto musikalisch gestaltet. Dabei wird der Chor an hohen Festtagen von Streichinstrumenten begleitet.