Die Geschichte des Ortsteils Fürstätt reicht zurück bis in die Römerzeit. Der Kirchberg ist ein fester Punkt im Überschwemmungsgebiet gewesen. Die Tatsache, dass an ihm eine Quelle entspringt, führte dazu, dass hier eine Taufstelle errichtet wurde, die Johannes dem Täufer geweiht war. Dieser war somit auch erster Patron einer Kapelle.
Das setzte sich fort, so dass er später im- mer einen Seitenaltar, nun eine Glocke gewidmet bekam. Ca. 760 kam Fürstätt zum Kloster Tegernsee und so wurde der Klosterpatron, der Hl. Quirinus, auch Patron der Kirche. Im Altar ruhen Reliquien des Heiligen. Sein Martyrium ist in einem Fresko auf der Nord- seite im Inneren der Kirche festgehalten. Die heutige Kirche wurde von den Fürstätter Bauern im 15. Jahrhundert als Eigenkirche der Dorfschaft Fürstätt errichtet.
Mehrfach wurde in den nächsten Jahrhunderten die Kirche umgestaltet und neu eingerichtet.
Die ursprünglich gotische Kirche wurde im 17. Jahrhundert mit Hilfe der Einnahmen aus einer blühenden Wallfahrt barockisiert. Einige Bilder auf der Empore der Kirche, vor allem aber das Altarbild stammen aus dieser Zeit. Bei der Säkularisation, 1808, retteten die Fürstätter ihre Kirche mit dem Vorwand, man benötige sie als Salzstadl. Im 19. Jahrhundert wurde die Kirche zweimal im neugotischen Stil umgestaltet. 1975 weihte Regionalbischof Schwarzenböck die Kirche neu. Damals erhielt sie auch eine neue Altarausstattung mit Volksaltar, Ständer der Osterkerze und Vortragekreuz, gestaltet von Josef Hamberger. Die heutige Einrichtung spiegelt die Umbauten wieder: Der neugotische Hochaltar von 1867, sowie die Seitenfiguren die Hl. Notburga und der Heilige Isidor, stammen vom Vachendorfer Bildhauer Anton Oberhauser.
Die Sockelzone unter dem Altarbild aus einem spätgotischen Altar aus der Zeit um 1525, wird dem Münchner Meister Sigmund Haffner zugerechnet. Darüber befindet sich eine Kreuzigungsgruppe von Lorenz Grabichler (um 1850), die beiden Putti mit den Leidenswerkzeugen können noch vom barocken Hochaltar stammen. Auf der Rückseite des Altares lies Herr Pfarrer Fuchs Gemälde aus der neugotischen Ausstattung anbringen. Votivbilder / -tafeln finden sich im Kirchenraum und an der Empore. Auf ihr werden noch Teile der Spätrenaissance-Altarausstattung Anfang des 17. Jahrhunderts gezeigt. Graffiti von 1578 und eine Rötelzeichnung mit dem „Vera Ikon“, dem wahren Antlitz Christi wurden freigelegt.
Geschützt wird der Kirchenraum von einem mittelalterlichen schmiedeeisernen Gitter. Im Vorraum begrüßt ein Christopherus- Fresko den Kirchenbesucher.
Besonders bedauern es die Fürstätter heute, dass 1896 der "Fürstätter Altar", ein einzigartiges spätgotisches Kunstwerk, an das bayerische Nationalmuseum verkauft wurde. Damals bekam man dafür 1500 Mark. Heute gilt er als Millionenobjekt.