Erweiterung 1970
Die Bemühungen um eine Erweiterung der Pfarrkirche St. Peter und Paul, waren daher zunächst vergeblich. Doch zeigte sich immer wieder, dass ein größerer Kirchenbau geschaffen werden muss.
1969 war es dann soweit, der Umbau begann und am 10.05.1970 wurde durch Weihbischof Neuhäusler die Altarweihe vorgenommen. In die Altarplatte wurden wieder die Reliquien der Hl. Martyrer Coelestinus, Fidentius und Veneranda eingesenkt.
Die erweitere Kirche hat 350 Sitzplätze, sie ist 29 m lang, 20 m breit und 9 m hoch. Der beherrschende Mittelpunkt der neuen Kirche ist die Altarinsel. Um ihn gruppieren sich vier Bankblöcke, Der Altar selbst ist ein Steinblock aus Muschelkalk. Das große eindrucksvolle Kreuz des Bildhauers Franz Lorch (München) über der Altarinsel zieht den Blick des Besuchers auf sich. Der gekreuzigte schließt gleichsam die Gemeinde in seine weit ausgespannten Arme.
Ein besonderer Ehrenplatz gebührt der Mutter des Herrn. Die Statue unter der Orgelempore stammt etwa aus dem Jahr 1500. Der Stil ist späte Gotik, Übergang zur Renaissance.
1975 konnte an der Münchener Straße der
Kindergarten St. Peter und Paul seiner Bestimmung übergeben werden.
Mit der Feier seines 40jährigen Priesterjubiläums nahm 1978 Pfarrer Bauer Abschied von der Pfarrei St. Peter und Paul. Pfarrer Alois Hopf übernahm die Pfarrei. Seit 1981 hatte Pfarrer Hopf auch noch die Pfarrei Altmühldorf mit der Stiftung Ecksberg zu betreuen, 1994 kam noch die Pfarrei St. Michael, Mettenheim hinzu.
Am 03.05.1980 war Kardinal Josef Ratzinger, der heutige Papst Benedikt XVI. zur Firmung in der Pfarrkirche St. Peter und Paul.
Am 21.02.1999 wurde Pfarrer Peter Hagsbacher als Pfarrer von St. Peter und Paul installiert. Er übernahm damit auch den Pfarrverband Altmühldorf (St. Peter und Paul, St. Laurentius, Altmühldorf und St. Michael, Mettenheim).
2007 ging der Pfarrer von St. Pius X. Hans Sinseder in den Ruhestand. Die Pfarrei konnte mit keinem neuen Priester besetzt werden und so kam es am 23.09.2007 zur Einführung der Stadtteilkirche Mühldorf a. Inn, unter der Leitung von Pfarrer Peter Hagsbacher, zu der neben den drei Pfarreien des Pfarrverbandes Altmühldorf nun auch die Pfarreien St. Pius X. und Mariä Himmelfahrt, Mößling gehören.
Im August 2009 verließ Pfarrer Peter Hagsbacher Mühldorf a. Inn.
Bis zu Errichtung der Stadtkirche am 1. September 2010 wurde die Stadtteilkirche von Pfarradministrator Peter Dietz geleitet, der im September 2007 als Kaplan zur Stadtteilkirche kam.