Ungefähr um die gleiche Zeit wie die Pfarrkiche in Bad Aibling, nämlich in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts wurde die jetzige Kirche in Ellmosen gebaut. Sie ist der hl. Margareta geweiht. Mit ihrem eingezogenen, in drei Seiten des Achtecks abschließendem Chor ist sie ein spätgotisches Bauwerk mit einem gotischen Sattelturm. In der Barockzeit, und zwar in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts, hat der Bau wesentliche Änderungen erfahren. Vor allem wurden die Kirchenfenster umgestaltet und vermehrt, was auf über 450 Gulden zu stehen kam. Die Gemälde am Gewölbe sind in Freskotechnik gemalt, von dem nicht untüchtigen Aiblinger Maler Böham.
Das Hauptbild, welches das Martyrium der hl. Margareta darstellt, trägt die Signatur 1790. Auf dem Hauptaltar steht die Figur der Kirchenpatronin, die beiden Seitenaltäre sind der hl. Anna und dem hl. Isidor geweiht. Die Kirchenstühle wurden von dem Aiblinger Kistlermeister Hans Perperich 1669 um den Preis von 98 Gulden hergestellt. Ein herrliches Schmuckstück ist die Kanzel - ein Meisterwerk des Bildschnitzers Joseph Götsch aus Aibling. Zusammen mit der Kanzel fertigte er auch den Hochaltar 1788-90 an.
Nach dem ersten Weltkrieg beschafften die Filialisten ein Geläute im Gewicht von 42 Zentnern um den Preis von 9000 RM, welches Oberascher in München lieferte. Leider mußte es im zweiten Weltkrieg abgeliefert werden und wurde nun durch ein Geläute aus Stahlglocken ersetzt. Die Glocke von 1655 hat die Gemeinde nach dem Krieg zurückerhalten.
Ein künstlerisch wertvolles Kriegerdenkmal aus Marmor von Bildhauer Panzer in München befindet sich in der Vorhalle der Kirche. Die Kirche erhielt 1921 eine Orgel aus der Werkstätte des Orgelbaumeisters Alfred Moser aus München und 2008 eine neue, zweimanualige Orgel mit 14 Registern der Orgelbaumeisterwerkstatt Frenger und Eder aus Heufeld. Die Innenrenovierung der Filialkirche wurde 2002/2003 mit großem Erfolg durchgeführt, sodaß der Kirchenraum seitdem in neuem Glanz erstrahlt.