Bereits zwischen um 1204 wird die Ortschaft Batfriding erwähnt. Zu Beginn des 14. Jh. wird eine Kirche in Padfriding als Filiale von Walpertskirchen genannt.
Ein Visitationsprotokoll des Jahres 1560 vermerkt einen Altar in der Kirche, die damals ein schlichter gotischer Sakralbau gewesen sein wird. Im Juli 1682 wurde der Kirchturm abgetragen. Am 27. August 1682 wird die Baufälligkeit der Kirche beklagt, woraufhin wohl der Neubau veranlasst wurde.
Die am Chorbogen angebrachte Jahreszahl 1692 dürfte auf das Jahr der Fertigstellung des Kirchenbaus zu beziehen sein. Als Weihedatum ist das Jahr 1698 überliefert.
Der bei einer Inventarisierung 1701 verzeichnete Altar dürfte den bestehenden Hochaltar aus der zweiten Hälfte des 17. Jh. bezeichnen.
Wohl zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde der rechte Seitenaltar angeschafft.
Schäden am Gewölbe machten ab 1836 die Herstellung eines neuen Dachstuhls und Gewölbes notwendig. 1863 drohte der Kirchturm einzustürzen, die Reparaturen dauerten bis 1867. 1916 wird eine Instandsetzung der Kirche samt Ausstattung durch Peter Keilhacker begonnen.
Ab 1931 wurden Skizzen zur Herstellung eines neuen Seitenaltars eingereicht, für dessen Aufstellung man die Kanzel an der Nordseite des Langhauses beseitigen ließ.
1936 und 1976 wurde der Außenbau instandgesetzt. Eine Restaurierung des Inneren führte man 1962 durch und 1997 wurde der Turm neu eingedeckt.