Die Ortschaft Neukirchen, nordwestlich von Walpertskirchen und östlich von Erding gelegen, wird ca. 1212 mit der Bezeichnung Niunkirchen erstmals und 1315 mit dem Namen Nevnchirchen als Filiale von Walpertskirchen erwähnt.
Die im 16. Jh. St. Jakobuskirche getaufte Kirche dürfte eine kleine, spätestens zu Beginn des 14. Jh. angelegte und vielleicht gotisch umgestaltete Kapelle gewesen sein. Im September 1648 wurde die Kirche durch die Schweden und Franzosen zerstört und nur notdürftig wiederhergestellt. Am 27. August 1682 schließlich wird von der Baufälligkeit der Kirche berichtet.
Die Arbeiten zum Neubau müssen unmittelbar danach begonnen worden sein, denn am 12. Juli 1683 wird berichtet, dass die Kirche „...völlig ausgepaut, unnd auch beraiths also ausgepuzt, und gesaubert ...“ ist. Die Weihe fand am 24. September 1698 durch Fürstbischof Johann Franz statt.
Wohl 1730 dürfte die Ausstattung erneuert worden sein. Um diese Zeit sind ein dem HI. Jakobus d. A. geweihter Hochaltar und zwei den Hll. Katharina und Sebastian gewidmete Seitenaltäre nachgewiesen. Die an der Rückseite des Hochaltars angebrachte Signatur L.S.M. 1739 bezieht sich auf den Erdinger Maler Lorenz Schalk, der 1739 den Hochaltar fasste.
Die erste umfassende Instandsetzung der Kirche war ab 1862 geplant und konnte bis 1869 im wesentlichen abgeschlossen werden. Ab 1929 fand eine gründliche Restaurierung statt.
Im Zuge einer Innenrestaurierung im Jahr 1966 wurde die Bemalung des Langhausgewölbes angebracht. Die letzte Außenrenovierung erfolgte 1978.