Der Ort Unterdarching ist sicher schon sehr alt, wie die spätrömischen Funde in Valley und der Kiesgrube neben der Autobahn beweisen.
Wann in Unterdarching die erste Kirche errichtet wurde, ist unbekannt. Der Patron der Kirche, Johannes der Täufer gibt Grund zur Annahme, dass sie eine Taufkirche war. Wahrscheinlich ist damals noch mehr Wasser vom Taubenberg in den Höllgraben geflossen. Von der Existenz einer Kirche in Unterdarching erfahren wir gesichert erst im Jahre 1315, in der Konradinischen Matrikel, der ältesten Bestandsaufnahme des Bistums Freising. Es wird ein romanischer Bau gewesen sein, von dem aber im jetzigen Kirchenbau keine Bauteile mehr festzustellen sind.
Von einem Kirchenbau in der Spätgotik wird 1504 berichtet. Die Mauern des Altarraumes der jetzigen Kirche in Unterdarching stammen noch aus dieser Zeit wie auch der Unterbau des Turmes. Zur spätgotischen Kirche gehört auch der Taufstein aus Tuff, der die Jahreszahl 1525 trägt. Auch in der Wand eingelassene Grabsteine sind Schöpfungen der Gotik. Am besten erhalten ist das Epitaph auf der linken Seite, vor der Sakristeitüre. Dieser Grabstein wurde 1570 angefertigt. Er gehörte für die Familie Aham, die kurz zuvor Valley erworben hatte.
Aus der schöpferischen Zeit um 1500 sind auch Reste in der Ausstattung erhalten, so das Relief einer Beweihungsgruppe unter dem Altartisch des Hochaltars. Ursprünglich könnte sie in die Predella eines gotischen Altars gehört haben (= Sockelzone über dem Altartisch). Ihre hohe Qualität ist durch die vielfachen Übermalungen leider etwas beeinträchtigt. Ähnlich ist es der gotischen Pieta (ebenfalls aus der Zeit um 1500) ergangen, die unter dem Volksaltar angebracht wurde; auch sie ist stark übermalt.
Aus dem Jahr 1514 stammt auch das Allerheiligenbild, das heute über der Sakristeitüre, geschützt durch einen Vorhang, hängt. Es kann Jan Polack zugeschrieben werden. Die Allerheiligentafel gelangte erst im 18. Jahrhundert als Stiftung des Grafen Arco-Valley in die Kirche, ursprünglich hatte die Tafel die angesehene Münchner Bürgersfamilie Pötschner in Auftrag gegeben. Polack’s Heimat war Krakau. Er kam vor 1480 nach München und malte dort unter anderem 1491 die Altäre in der Kapelle des Schlosses Blutenburg. Seine anderen Werke befinden sich zum großen Teil im Münchner Nationalmuseum.
Vom Kirchenneubau In Unterdarching wissen wir leider recht wenig. Die spätgotische Kirche von 1505 soll zwischen 1726 und 1737 umgebaut und erweitert worden sein. Sicher ist nur das Weihejahr 1737 an Hand des eingemauerten Reliquien-kästchens zu bestimmen. Von der Inneneinrichtung der Kirche um 1737 ist heute nicht mehr viel vorhanden. Der alte Hochaltar wurde 1831 in klassizistischer Manier ersetzt. Auch die neubarocken Aufbauten der Seitenaltäre hat man 1847 durch einen Kistler aus Vagen fertigen lassen, der jedoch vielleicht Teile der älteren Altäre wiederverwendet hat. Die in die drei Altäre integrierten Figuren sind zum Teil jedoch älter, so die Täufergruppe im Hochaltar (Mitte 18. Jh.), Joachim und Anna im nördlichen Seitenaltar (Mitte 18. Jh.) und die leider beschädigte Madonna als Himmelkönigin desselben Altares (2. Hälfte 17. Jh.). Die Kanzel wird um 1680 (spätestens Anfang des 18. Jh.s) geschaffen worden sein und wurde 1822 renoviert. An der Nordwand befindet sich auch eine ursprünglich als Tragefigur gedachte Maria Immaculata aus der Mitte des 18. Jh.s. An der Südwand hängt eine sehr qualitätvolle auf Holz gemalte Darstellung über das Leben des heiligen Wolfgang, die 1768 mit dem Monogramm „I.W.G.“ (= Johann Wolfgang Graß) signiert wurde. Der hervorragende Kreuzweg wurde vom Maler der Kleinhöhener Kirche, Anton Josef Höttinger, 1770 geschaffen.
Die Kirchenstühle mit ihren schönen Wangen stammen aus dem Jahre 1826. 1877 wurde die sehr gute Deckenmalerei mit Szenen aus dem Leben Johannes des Täufers, den vier Evangelisten (im Altarraum), Petrus und Paulus sowie den vier lateinischen Kirchenvätern (Hll. Ambrosius, Hieronymus, Augustinus, Gregor, im Langhaus) von Alois Dirnberger ausgeführt.
Wann der Turm in Unterdarching die jetzige Form erhalten hat, ist nicht bekannt. Wahrscheinlich wurde er zwischen 1750 und 1790 erhöht und bekam die heutige Doppelkuppel. Vorher soll er ein Satteldach getragen haben.
(Text ursprünglich 1969/70 von Pfarrer Josef Hofmann verfasst und 2017 durch Herbert Schmid stark gekürzt, nach neueren Befunden erweitert und stellenweise korrigiert)