1709 fertigten der Maurermeister Thomas Pretterleitner und Zimmermeister Georg Gesslberger, beide aus Waging, einen Bauplan für eine Kirche die noch im gleichen Jahr begonnen wurde. Das Jahr darauf wurde in der Rundung des Ostchores ein feistehender Altar in Form eines fünfzehnästigen Birnbaums mit Laubwerk und Früchten, Gewölk, Strahlen und Schildern durch den Waginger Tischler Johannes Weyandt errichtet.
Die plastischen Arbeiten lieferte Georg Ferdinand Hartmann, Bildhauer in Wasserburg, mit den Fassarbeiten wurde der Waginger Maler Martin Wolfgruber betraut. Mit der Fertigstellung des Kirchenschiffes von 1712/13 war der Tittmoninger Maurermeister Johann Pattinger beauftragt worden. Erst 1753 wurde der Turm als Dachreiter an der Westseite errichtet.
Obwohl schon 1710 das erste hl.Messopfer auf dem neu errichteten Altar gefeiert wurde, erfolgte die Konsegration der Kirche erst 1757 durch Fürsterzbischof Siegmund Christoph Graf Schrattenbach. Im Mai 1857 wurde die Jahrhundertfeier der Einweihung der Wallfahrtskirche begangen und anschließend bis 1862 die Kirche renoviert und mit Deckengemälden versehen.
Damals wurden der barocke Altar von 1710 und andere Ausstattungsgegenstände als nicht mehr der gewandelten Frömmigkeitshaltung entsprechend beseitigt.
1969 beging die Pfarrei Waging das 300-jährige Jubiläum der Wallfahrt zum Mühlberg. Die letzte Innenrenovierung war 1997/98.
Die Wallfahrtskirche Mariae Heimsuchung verfügt über den größten Bestand an Votivbildern im Rupertiwinkel, der von den Anfängen der Wallfahrt bis ins 20. Jh. reicht. Cirka 390 der Bilder, zumeist auf Holz gemalt, sind im Eingangsbereich der Kirche angebracht. Das Älteste stammt aus dem Jahre 1670.
Diese Votivbilder sind neben ihrer frömmigkeitsgeschichtlichen Aussage wetvolle Bildquellen zur bürgerlichen und bäuerlichen Sachkultur, vermitteln Hausformen, Geräte, Möbel und die Kleidung der Votanten. Sie geben Auskunft über Personen, die in ihren Anliegen Trost und Hilfe erfahren haben.
Im Schrein an der Südwand befinden sich die Gebeine des Hl. Victor, den der Bauer Joseph Mayr, aus dem Weiler Eck, von seiner dritten Romwallfahrt mitbrachte.
Er ließ diese im Kloster Frauenchiemsee fassen und zur Verehrung in der Kirche aufstellen.
Quelle Kirchenführer Waging am See