Auch wenn schon im 16. Jahrhundert von einer vorhandenen Orgel berichtet wird, erhielt die heutige Kirche in ihrer Gestalt von 1629 erst im Jahr 1749, ein Jahr vor Johann Sebastian Bachs Tod, eine neue Orgel mit barockem Orgelprospekt in Gestalt eines zentralen Posaunenengels mit Uhrenziffernblatt.
Diese Orgel fertigte Johann Andreas Fux aus Donauwörth, der Sohn von Johann Georg Fux, der die bis heute erhaltene, berühmte Orgel der Klosterkirche Fürstenfeldbruck erbaut hat.
1903 musste das barocke Orgelwerk aber aufgegeben werden, die barocke Disposition erhielt sich jedoch in einem Orgelgutachten von 1892. Dieses hatte der Rosenheimer Orgelbauer Josef Hackl erstellt, der dann auch das Nachfolgeinstrument mit Pneumatik und freistehendem Spieltisch fertigte.
1953 bauten die Firmen Schwenk/München und Wappmansberger/Prien die pneumatische Orgel um und erweiterten sie um ein Orgelwerk, das an der nördlichen Seite der Empore platziert war. Reparaturanfälligkeiten und Wurmfraß machten schließlich einen kompletten Neubau der Orgel notwendig.
Die Orgelbau-Firma Alois Linder aus Nußdorf am Inn schuf in 6000 Arbeitsstunden das jetzige wertvolle Instrument und konnte es glücklicherweise in den restaurierten Prospekt von 1749 kleiden. Bei der Konzeption orientierte man sich an der überlieferten Disposition von Johann Andreas Fux und erweiterte diese sinnvoll im Anklang an süddeutsche Barockorgeln, jedoch mit eigenständigem Klangcharakter.
Die Orgel hat 24 Register und insgesamt 1298 Pfeifen. Im Sinne barocker Orgelspielereien wurde noch ein Windrad installiert, welches auf Messingröhrenglocken das Salve-Regina-Motiv imitiert.
Am 24.11.2019 wurde das Instrument von Erzbischof Kardinal Marx geweiht „ad maiorem Dei gloriam!“