Abt Aribo von Tegernsee ließ im Jahr 1111 oder 1112 die erste Kirche in Egern bauen. Geweiht wurde sie dem heiligen Laurentius.
Zum Zeitpunkt ihrer Entstehung gehörte die Egerner Kirche zur "Urpfarrei" Gmund. Der Gmunder Pfarrer, ein vom Kloster ausgewählter Weltpriester, war für die Seelsorge im ganzen Tal zuständig. Mit dem Bau einer Kirche in Egern wollte das Kloster für seine Untertanen im südlichen Teil des Tals eine näher gelegene Möglichkeit zum Gottesdienstbesuch schaffen. Ebenso war es beim Bau der Leonhards-Kirche in Kreuth und einer Seelsorgekirche im Klosterbereich.
Gegen den Widerstand des Gmunder Pfarrers betrieb das Kloster in der Folgezeit die zunehmende Verselbständigung von Egern, bis schließlich 1187 Bischof Otto II. von Freising "dem Volk bei Egern" angesichts der "Rauheit und Länge des Weges" nach Gmund erlaubte, die Messe in seiner eigenen Kirche oder im Kloster zu hören, dort auch ihre Kinder taufen und die Tote begraben zu lassen. Faktisch war damit Egern als zweite Pfarrei für den Südteil des Tals errichtet. Und natürlich stand dem Kloster auch hier die Auswahl des Seelsorgepriesters zu.
Das Aussehen der ersten Kirche von Egern ist nicht bekannt.
Der heutige Kirchenbau wurde 1466 unter Abt Konrad Airinschmalz durch den Klosterbaumeister Alex Gugler errichtet - ein schlichter, gewölbter Saalbau zu vier Jochen mit dem Turm an der Nord- und Fenstern nur auf der Südseite. Er bot Platz für drei Altäre und für immerhin einen Großteil der damals vielleicht 800 Pfarrangehörigen.
Die Amtszeit von Abt Ulrich Schwaiger (1636-1673) brachte für Egern zwei wichtige Veränderungen: 1636 entsandte das Kloster erstmals einen seiner Mönche als Pfarrer (was dann bis zur Säkularisation so blieb), und 1647 wurde die Pfarrkirche zugleich Wallfahrtskirche: Viele Menschen aus Nah und Fern hatten sich in der Not des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) hier, vor dem altehrwürdigen Marienbild am linken Seitenaltar an die Gottesmutter gewandt, und die Egerner schrieben es ihrer Fürbitte zu, dass der Ort von feindlichen Angriffen sowie von Hagelschlag und Ungewitter verschont geblieben war.
1648 zeichnete Pfarrer P. Augustin Gugler auf, dass der 3-jährige Jörg Biechl von der Brandstatt dank Marias Hilfe einen Sturz vom Stadel herab unbeschadet überstanden hatte. Damit eröffnete er eine Reihe von so genannten Mirakel-büchern, die - fortgeführt vom jeweiligen Pfarrer - bis 1804 nicht mehr abreißen sollte und die wohl über 5.000 niedergeschriebene Gebetserhörungen enthält. Von den einst zahlreichen Votivbildern sind leider nur noch wenige erhalten. Das bekannteste ist das der Egerner und Tegernseer Teilnehmer an der "Sendlinger Mordweihnacht" 1705.
Das Anwachsen der Wallfahrt führte im späten 17. Jahrhundert zur Neuausstattung der Kirche im Stil des Barock. 1671-1672 wurden Chor, Langhaus und Sakristei von Schlierseer Maurern mit Stuck ausgeziert, 1685-1689 die drei Altäre neu errichtet. Der Hochaltar erhielt ein Gemälde des damals gerade in der Klosterkirche beschäf-tigten Malers Georg Asam. Es zeigt die Fürsprache Marias und des heiligen Laurentius bei Christus. Asams Ehefrau wurde gleichzeitig dafür entlohnt, dass sie das "miraculose Unser Lieben Frauen Bildnis" renovierte.
1707-1708 ließ Pfarrer P. Alphons Hueber (1705-1717), ein großer Förderer der Wallfahrt, die zu klein gewordene Pfarrkirche um zwei Fenster nach Westen hin verlängern und in den Anbau eine doppelte Empore einziehen. An deren Brüstungen ließ er 14 Mirakel malen, die sich beim Egerner Gnadenbild ereignet hatten. Am 30. Oktober 1712 beging Pfarrer Hueber mit seinen Pfarrangehörigen, dem per Schiff angereisten Konvent und vielen Gläubigen aus dem ganzen Tal feierlich das 600-Jahr-Jubiläum seiner Kirche.
Das 100-jährige Bestehen der Wallfahrt bot 1747 den Anlass, die Altäre nochmals zu verschönern und den Kirchenraum in Gelb und Rosa ausmalen zu lassen. Zu den Gottesdiensten an den drei Festtagen im September strömten so viele Besucher herbei, dass zur Kommunion 4.000 Hostien benötigt wurden. Die Pfarrei selbst zählte damals gerade 1.200 Gläubige im kommunionfähigen Alter.
Die Säkularisation von 1803 brachte das Ende der Zuständigkeit des Klosters für die Pfarrei Egern. Ohne dessen Förderung sowie aufgrund staatlicher Verbote endete auch die Wallfahrt. Jedoch: Mit dem gebürtigen Egerner P. Nonnosus Höß (1803-1816) und vor allem mit P. Ägid Hellensteiner (1816-1861!) blieben noch lange Zeit ehemalige Mönche Seelsorger in Egern - nunmehr allerdings (und so bis zum Ende der Monarchie) vom König ernannt.
Und: Teilnehmer aller Kriege des 19. und 20. Jahrhunderts folgten dem Beispiel ihrer Vorfahren von 1705 und vertrauten sich der Fürsprache der Muttergottes von Egern an. Ihre Votivbilder reichen bis zum Ersten Weltkrieg. Zum Dank dafür, dass das Tal in den letzten Tagen des Zweiten Weltkriegs vor der drohenden Zerstörung bewahrt blieb, tragen bis heute jeweils zu Erntedank die Gebirgsschützen eine Kopie des Gnadenbildes in einer Prozession durch den Ort.