Vorgänger der heutigen Josefskirche war die Sebastianskirche, die 1315 als Filialkirche der Pfarrei Kirchdorf a. d. Amper urkundlich aufgeführt ist. An das ursprügliche flachgedeckte Langhaus schließt sich ein wenig eingezogener Chor, 5 Achteckseiten umfassend, an. Im Chor ein sternförmiges Netzgewölbe, dessen Rippen auf Kragsteinen mit Wappenschilden aufsetzen. 1700 ist die gotische Kirche baufällig; sie leidet "die hechste notturft". Um 1730 "bedeutend ausgebessert und der Turm neu gebaut. Der Hochaltar, in dem das Allerheiligste aufbewahrt wird, ist dem hl. Sebastian geweiht. Die übrigens zwei Altäre sind noch nicht konsekriert und zum Messelesen nicht geeignet".
1895: "Gotisch, teilweise verändert". 1914 Sammlung von 52000 Mark für einen Kirchenneubau. 1923 geht dieses Kapitel durch die Inflation verloren. 1935 Kirchenbauverein gegründet. 1. Juli 1936 Abbruch der gotischen Kirche St. Sebastian.
11. Oktober 1936 Grundsteinlegung zum Bau der heutigen Kirche.
Bauherr geistlicher Rat Dekan Franz Xaver Sturm, Pfarrer von Kirchdorf a. d. Amper; H. H. Josef Wimmer, 1. Kooperator in Kirchdorf a. d. Amper, seit 1. Februar 1930 Expositus in Güntersdorf; Architekt Georg Berlinger, München; Baumeister Simon Würfl, Paunzhasuen.
11. Juli 1937 Weihe der Sankt-Josef-Kirche durch Michael Kardinal Faulhaber.
1946 Renovierung. 27. Oktober 1946 Einsegnung der Fresken durch Domkapitular Michael Hartig. 1947 Hochaltar. 30. Oktober1949 Glockenweihe in Güntersdorf für die Kirchen von Güntersdorf, Dietersdorf, Ampertshausen, Aufham. 11. August 1968 Friedhofserweiterung, Weihe der Aussegnungshalle. 1977 Innenrenovierung (Kirchenmaler Johann Eder, Vaterstetten).