Die erste Erwähnung einer Orgel in Schweitenkirchen findet man in einem Angebot des Landshuter Orgelbauers Johann Ehrlich vom Januar 1850:
"Kosten Anschlag
Herstellung einer Orgel in der Pfarrkirche zu Schweitenkirchen königl. Landgericht Pfaffenhofen.
Die Windlade, worauf sämtliche Pfeifen zu stehen kommen, wird ganz nach neuester Art eingerichtet und mechanische ??? an Federn und Stiften von harten Messingdraht eingemacht. Manual, Pedal, Registerzüge und daran mechanische Einrichtungen wird auf eine dauernde und zweckmäßige Weise angelegt, sowie auch die Blasbälge eine ganz dauerhafte Belederung erhalten. Der Orgel-Kasten ist schon gefasst und mit sehr vielen vergoldeten Verzierungen versehen und in Betreff der Stellung so eingerichtet, daß der Organist in direkter Stellung vorwärts auf den Hochaltar sieht, folglich an der Rückseite gespielt wird.
Der Kostenbetrag für dieses bis auf den Kasten ganz neue Orgelwerk erstreckt sich auf 300 fl.
Der Transport müsste von Seiten der Gemeinde eigens besorgt werden.
Angegen verbindet sich Unterzeichneter auch zur Haftung auf ein Jahr, wobei allenfallsige Mängel auf seine Kosten während dieses Zeitraums behoben werden, und sich derselbe auch zur unentgeltlichen Nachstimmung nach Verfluß dieser Zeit verbindet.
Verfasst auf Verlangen im Monat Jänner 1850
von Jak.Etatietz "?"
kirchlicher Orgelbauer Landshut"
aus der Chronik zum 100jährigen Weihejubiläum
gemeint ist wohl der Orgelbauer Johann Ehrlich aus Landshut.
Es ist davon auszugehen, daß dieses Angebot angenommen wurde, denn in einer Pfarrbeschreibung aus dem Jahre 1874 wird eine Orgel erwähnt.
Mit dem Kirchenneubau in den Jahren 1906 bis 1909 wurde auch eine neue, dem Raum entsprechende Orgel notwendig. Bereits 1910 stellte die renommierte Orgelbaufirma Willibald Siemann aus München ein Instrument mit 14 Registern in unserer Kirche auf. Das Instrument kostete 6.700,-- RM und hatte folgende Disposition:
*) Abschwächung aus Subbaß 16'
Spielhilfen: Koppel II/I, Superoktavkoppel I und II an I, Suboktavkoppel II an I.
System: pneumatische Kegellade
Bereits während des 1.Weltkrieges erlitt die neue Orgel ihre erste, einschneidende Einbuße: der Zinnprospekt, 25 Pfeifen des Prinzipalregisters, mußte abgeliefert werden. Später wurde dieser durch Zinkpfeifen ersetzt. In den 50ger Jahren kam es dann zu einer weiteren Umbaumaßnahme. Die Orgel wurde an die Rückwand der Empore versetzt, eine Kammer für Balg und elektrisches Gebläse wurde geschaffen, es erfolgte auch eine Entwurmung (allerdings mit nur mäßigem Erfolg). Außerdem wurde, der Orgelbewegung folgend, die Gamba durch eine Blockflöte 2', das Geigenprinzipal durch ein Prinzipal 2' ersetzt.
Im Jahr 1990 entschloß sich die Pfarrei zu einem Neubau, unter Beibehaltung etlicher Register und des Gehäuses.