Die Waldhauser Pfarrkirche ist dem Hl. Martin geweiht und hat, den Hl. Sebastian als Nebenheiligen.
Sie wurde 1950 nach Abriss (nur der Turm blieb stehen) der aus dem Spätmittelalter stammenden gotischen Kirche neu errichtet. Dem Stil nach entspricht sie der Neugotik. Über dem Langhaus spannt sich eine Flachdecke, die von Robert Raab, München reich mit Gemälden versehen ist. Die Apsis des Chorraumes schmückt ein Mosaik, das mittig Christus als „Salvator mundi“ zusammen mit Gott Vater und Heilig-Geist-Taube zeigt. Flankiert wird er von den Namenspatronen der Kirche, St. Martin links, und St. Sebastian re.
Ein Kreuzweg-Zyklus aus Ton von Prof. Karl Baur aus München umschließt die Außenwände.
Aus der alten Kirche stammen noch eine Madonna mit Kind des Wasserburger Bildhauers David Zürn (+ 1666), eine Skulptur des Hl. Josef, sowie ein großes Kruzifix mit der Schmerzhafen Madonna.
1991 wurde der Altarraum mit einem freistehenden Marmor-Altar und Ambo versehen. 1992 wurden die alten Stahlglocken durch ein dreistimmiges Geläut aus Bronze ersetzt. 2004 konnte auch die altersschwache Orgel durch ein vierzehn-registriges Werk mit 888 Pfeifen von der Fa. Lindner aus Nußdorf ersetzt.
Die Kirche in der Ortsmitte wird umschlossen vom Friedhof. An der Ostseite der Kirche befindet sich Denkmal für die Gefallenen der Weltkriege.
Weitere Informationen in einem Auszug aus dem "Heimatbuch Schnaitsee",
Herausgeber: Gemeinde Schnaitsee, Marktplatz 4, 83530 Schnaitsee siehe unten
Die Friedhofskapelle ist das älteste kirchliche Gebäude in Waldhausen. Sie soll den Waldarbeitern noch vor dem Bau der ersten Kirche als Gebetsstätte gedient haben. Der gotische Bau enthält im Innern ein achtteiliges Sterngewölbe und eine Lourdesgrotte.