Die Geschichte der Baierbrunner Dorfkirche geht weit über die heute sichtbaren Mauern hinaus. Bereits 776 ist in der ersten urkundlichen Erwähnung von Baierbrunn auch von einer steinernen Kirche die Rede. Um 1175 wird in den "Schäftlarner Traditionen" eine Kirche zu Ehren des Hl. Apostels Petrus erwähnt. Nach 1501 wird sie völlig erneuert, vermutlich stammt ein Teil des Baumaterials aus der 1421 zerstörten Baierbrunner Burg.
Am 17. Mai 1632, also mitten im 30jährigen Krieg, zerstören schwedische Reiter das Dorf und auch die Kirche. Es dauert 54 Jahre, bis 1686 mit einem Neubau begonnen werden kann. Den Entwurf liefert der Müncher Stadtmaurermeister Martin Gunetzrhainer, der auch die Bauleitung inne hat. Erst 1702 bekommt der Turm seine heutige Gestalt, und am 23. Juni 1709 wird die Kirche feierlich eingeweiht.
Der Hauptaltar mit den beiden Kirchenpatronen Petrus und Paulus und die Kanzel stammen aus dieser Zeit.
Erst mehr als 70 Jahre später, nach 1790 kommen die beiden Seitenaltäre in die Kirche.
Bis zum Bau der neuen Pfarrkirche Ende der 1950er Jahre wird die Gemeinde von Patres aus dem Kloster Schäftlarn betreut. Dann hält man die Kirche für überflüssig, außerdem steht sie dem Verkehrsfluss auf der Durchgangsstraße, der heutigen B 11 im Wege. Engagierte Baierbrunner Bürger verhindern den vorgeschlagenen Abriß. Heute strahlt die Dorfkirche, auch "Alte Kirche" genannt", in neuem Glanz. Die evangelischen Christen aus Baierbrunn versammeln sich hier regelmäßig zu ihren Gottesdiensten. Die katholische Gemeinde lädt zum Werktagsgottesdienst und zum Rosenkranzgebet.