Im 8. Jhd. gehörte Rohrdorf zum Bistum Salzburg und wird 788 erstmals als Schenkung der bairischen Herzöge an das Bistum Salzburg erwähnt. Niedergelegt in der Notitia Arnonis.
Rohrdorf ist im 10. Jhd. Sitz der Aribonen und im 12. Jhd. Sitz der Falkenstainer.
Mit dem Konkordat von 1817 kam der Rupertiwinkel und damit auch Rohrdorf zum Erzbistum München und Freising.
Von der Urkirche ist nichts überliefert. Der dem hl. Laurentius geweihte linke Seitenaltar könnte vielleicht ein Hinweis auf den ursprünglichen Kirchenpatron sein.
Im 15. Jhd. wurde die Kirche neu gebaut oder im spätgotischen Stil umgestaltet. In dieser Zeit wird die Gruftkapelle der Paschachel erwähnt.
1554 brennen Gotteshaus und Pfarrhof, einschließlich des Archivs ab. Die Kirche wird neu aufgebaut und 1722/23 barockisiert. Am 27. März 1765 wird diese Barockkirche erneut ein Raub der Flammen. Sie wird in der heutigen Form wieder erbaut.
Die heute sichtbaren Deckenfresken malte 1927 Anton Niedermaier aus Hohenbrunn.
Chorfresko: Salome, mit ihren Söhnen Jakobus und Johannes, für die sie günstige Plätze im kommenden Reich erbittet.
Chorbogen: Schlacht bei Clavijo (844), in der die Christen mit Hilfe des hl. Jakobus einen bedeutenden Sieg errangen. Wiederauffindung der Reliquien des hl. Jakobus und ihre Überführung nach Santiago de Compostela. Der Hochaltar und zwei Seitenaltäre prägen den heutigen Kirchenraum.
Hochaltar: gefertigt 1712 vom Jesuit Fr. Jakob Amrhein für die Damenstiftskirche Hall in Tirol. Nach deren Auflösung durch die Säkularisation Kaiser Josephs II, erwarben die Rohrdorfer den Altar. Das Altarbild zeigt die Heimsuchung. Maria besucht ihre schwangere Base Elisabeth. Die Statuen zweier Märtyrer, Prozessus und Martinianus stehen links und rechts vom Altarbild. Sie waren Bewacher des hl. Petrus während seiner Einkerkerung in Rom. Über dem Tabernakel trohnt der hl. Jakobus d. Ä., um 1500 gefertigt vom Meister von Rabenden.
Seitenaltäre: Der linke Seitenaltar ist dem hl. Laurentius und der Allerseelenbruderschaft gewidmet, der rechte Seitenaltar der Bruderschaft von den Sieben Schmerzens Mariens.
Kanzel: Auf dem Kanzeldach ist Jesus der Gute Hirte zu sehen, sowie die Wahrzeichen der vier Evangelisten. Der Engel steht für Matthäus, der Löwe für Markus, der Stier für Lukas und der Adler für Johannes. Die Kanzelwand zeigt die vier Kirchenlehrer Ambrosius, Augustinus, Gregor und Hieronymus. Drei Putten mit den Symbolen für Glaube (Kreuz), Hoffnung (Anker) und Liebe versinnbildlichen die obersten christlichen Tugenden. An der Zufahrt zum Pfarrhof zeigt ein Pilgerkreuz, dass Rohrdorf am europäischen Pilgerweg nach Santiago de Compostela liegt.