Schon bald stellten sich dort auch Wallfahrer aus Freising ein und brachten Abbildungen des
Gnadenbildes in Form von
Kupferstichen mit. Nach einem solchen Bildchen ließ der Domkapitlische Forstbereiter (Forstaufseher) Sylvester Hupf von dem Freisinger Maler Johann Jäger ein Holztafelbild des Heilands in der Wies malen und hängte es am
6. Mai 1745 an einen Baum in seinem Forst an der Straße von Freising nach Zolling auf. Bald wurden dort
Votivgaben und Opfer niedergelegt oder an dem Baum befestigt. Da das Gebiet zum forstbischöflichen Territorium gehörte, dem
Domkapitel als Grundherrn und dem Pfarrer von St. Georg seilsorglich unterstand, wurden diese Freisinger Autoritäten bald damit befaßt. Versuche, die neue Wallfahrt zu unterdrücken, hatten keinen Erfolg.So entstand schon
1746 eine kleine hölzerne Kapelle, für die
1747 die Erlaubnis Messe zu lesen erteilt wurde und bei der zunächst ein
Eremit als
Messner und Lehrer wohnte. Da die Opfergaben reich flossen, genehmigte schon am
30. September 1746 Fürstbischof Johann Theodor den Bau einer dauerhaften Kirche. Diese bestand nur aus dem Oval des heutigen
Chorraums. In diese damals noch nicht ausgezierte Kirche wurde am
11. November 1748 das Gnadenbild durch Weihbischof Poedikeim feierlich übertragen. Dieser Vorgang ist wohl mit der Darstellung auf dem Deckengemälde gemeint. Am Vortag war die Kirche vom Stadtpfarrer Joseph Krimer benediziert worden. Südlich and der Kirche schloß sich das Haus des Wallfahrtspriesters an, das kleiner war als heute und dessen
Walmdach mit einem hölzernen Glockentürmchen bekrönt war. Das Mesnerhaus wurde
1751 an der Nordseite durch den Freisinger Mauermeister Ignatz Schwaiger angebaut.
Das starke Anwachsen des Besucherzahl machte die Vergrößerung der Kirche nötig.
1760/61 wurde an den querelliptischen Hauptraum das jetzige Langhaus als Vorhaus angebaut. Am
13. Mai 1764 wurde die Kirche von Weihbischof
Franz Ignaz Albert v. Werdenstein geweiht.
1767 wurde die Fünf-Wunden-Bruderschaft begründet. Die Betreuung der Kirche geschah durch weltgeistliche Wallfahrtskuraten; nach
1803 waren es pensionierte Ordensleute aus dem
Kloster Neustift, die auch für die Tüntenhausener und Haindlfinger Kinder Schule hielten.
1803 aber wurde die Seelsorge an Stipendiaten des erzbischöflichen Klerikalseminars übertragen, die auf dem
Domberg wohnten. Die Verwaltung der Kirche ging dadurch ebenfalls an das Klerikalseminar über (heute wird sie durch die Erzbischöfliche Finanzkammer geführt). Erst der
1846 ernannte Kurat Matthias Ertle nahm
1853 wieder seinen Wohnsitz in der Wies selbst. Er hatte seit
1848 durch den Freisinger Baumeister Maximilian Heigl größere Umbauten vornehmen lassen. Das Kuratenhaus wurde auf das Doppelte der Breite vergrößert und mit dem ebenfalls veränderten Mesnerhaus durch einen zweistöckigen Gang, der an der Ostseite des Chores entlang führt, verbunden. Auf diesen Gangbau wurde als Ersatz für das Glockentürmchen ein richtiger Kirchturm aufgesetzt und mit einem Spitzhelm in Anlehnung an mittelalterliche Formen bekrönt.
Ein für die Wirkung des Inneren wie des Äußeren schwerwiegender Eingriff geschah
1857: Auf dem Ovalraum befanden sich in den vier Diagonalachsen vier Fenster, die mittels
Stichkappen in die Kuppelwölbung eingefügt waren und nach außen zierlich geformte
Dachgauben bildeten. Zunächst zur Abwehr der hier eindringenden Feuchtigkeit, aber auch in Ablehnung barocker Formen, die durch ein Gutachten Joachim Siegharts gestützt wurde, ließ Ertle die Gauben abbrechen und die Kuppelschale innen schließen. Auf die gerade durchgezogene Gewölbefläche wurden Scheinfenster gemalt. Dadurch verlor der Ovalraum seine eigentliche Belichtung, er wurde dunkel und seine räumliche Weite war nicht mehr spürbar. Das Landgericht Freising verlangte die Wiederherstellung der Fenster, deren Anlage sei nicht etwa willkürlich, sondern in dem Baustil der Kirche wohlbegründet. "Die aus der
Zopfzeit stammenden Bauwerke bewahren nur in der Gesamtheit ihrer Beigaben, sogar ihrer Schnörkeleien, ein im ganzen auf Effekt bemessenes, namentlich malerischen Ansehen, das sie aber durch Entfernung solcher Beigaben verlieren." Aber diese für eine barockfremde Zeit erstaunlich weitsichtige Auffassung konnte sich damals noch nicht durchsetzen. Trotz dieses Mißgriffs bleibt das Wirken Ertles bemerkenswert. Er hat aus einer verdämmernden Wallfahrt wieder eine lebendige Seelsorgestelle gemacht, die auch auf eigenen Füßen stand. Ertle erwarb weitgehend aus seinem Privatvermögen Grundstücke um die Wies und errichtete eine Ökonomie, deren Baumeister zugleich Mesner war, sowie eine eigene Kuratiestiftung. Ertle starb in der Wies
1882.
Im Jahre
1903 wurde die Wieskuratie dem Orden der
Augustiner-Eremiten anvertraut, die die Wallfahrt mit neuem Leben erfüllten. So führten sie das beliebte Pfingsttriduum ein, das bis heute - wenn auch in reduzierter Form - gefeiert wird. Für die Patres und Brüder, die auch die Ökonomie betrieben, wurde östlich des alten Kuratenhauses ein Kloster gebaut. Der Architekt war August Riesch (
1904 vollendet).
1929 bis
1930 wurde die Kirche einer sorgfältigen Restaurierung unterzogen.
1954 berief man die Mönche ab, die Kuratie wurde mit Weltgeistlichen besetzt. In das Kloster kam die katholische Dorfhelferinnenschule, die
1966 einen Neubau von Siegfried Oestreicher östlich der Wieskirche erhielt.
1984 wurde das Kloster renoviert und zu Wohnungen umgebaut. In den Ökonomiegebäuden richtete die Erzdiözese einen Bauhof ein. Die Kirche wurde von
1984 bis
1985 außen und innen durch das Erzbischöfliche Baureferat grundlegend renoviert. Dabei wurde der seit
1897 verschieferte Glockenturm wieder verschindelt, wurden die
1857 beseitigten Dachfenster im Chorraum wiederhergestellt und dieser Bauteil wie das Langhaus mit Ziegeln gedeckt. Die Außenwände erhielten wieder die alte Farbigkeit mit den gemalten
Pilastern am Langhaus. Im Inneren wurden die vorher durch Tönung der Wände verunklärten Farbakzente gemäß dem barocken Befund wiederhergestellt. Der
Hochaltar bekam wieder seine originale Weiß-Gold-Fassung. Im Altarraum wurden die Stufen neu geordnet. Der Eingang von der
Sakristei wurde wieder - wie ursprünglich - an die Südseite verlegt (bisher unmittelbar rechts vom Hochaltar). Die Votivschränke wurden rechts und links vom Hochaltar aufgestellt. Die Kirchenmalerarbeiten besorgte die Firma Wilhelm Böck in Langenbach.