St. Peter und Paul in Freising Neustift ist noch keine alte Pfarrei. Der jahrzehntelangen Opferbereitschaft und Beharrlichkeit unserer Vorfahren ist es zu verdanken, dass Neustift St. Peter und Paul am 4. November 1892 endlich als Pfarrei begründet wurde.
Das wirkliche Alter unseres Kirchortes geht weiter zurück. Als der Reformbischof Otto I. von Freising 1143 östlich von Freising "Nova cella", das "neue Stift", das Prämonstratenser-Kloster gründete, standen hier bereits zwei Kirchen. Die eine mit den Gräbern der Iroschotten, Bischof Marinus und seines Diakons Theclanus, war dem heiligen Godehard geweiht. Die andere trug das Patronat des hl. Alexius und stand mit dem 1302 erstmals genannten Leprosenhaus in Verbindung. Die ersten Prämonstratenser kamen aus dem 1125 gegründeten Kloster Ursberg.
Das Prämonstratenserkloster Neustift bestand bis zur Säkularisation 1803.
In den Folgejahren war es eine Kaserne und eine Tuchfabrik. Die Klostergebäude wurden 1979 vom Landkreis erworben, von 1983 bis 1986 saniert und umgebaut und ist heute das Landratsamt.
Mit der heutigen Pfarrkirche wurde nach dem verheerenden Brand von 1751 in den Jahren 1751-1756 von den bedeutendsten süddeutschen Künstlern wie Fran Xaver Feichtmayr (Stukateur), Johann Baptist Zimmermann (Maler) und Ignaz Günther (Bildhauer) ein kostbares Juwel des bayerischen Rokoko geschaffen.
Nach der Säkularisation war die Klosterkirche Garnisionskirche, Filialkirche von St. Georg und Expositurkirche. 1881 wurde die Kirche von der Expositurgemeinde dem bayerischen Staat abgekauft und von Erzbischof Antonius von Thoma von München und Freising zur Pfarrkirche erhoben.
Heute wird die Pfarrei St. Peter und Paul Neustift wieder von Prämonstratenser-Chorherren geleitet.