Die Hauptorgel der Mariahilfkirche wurde im Jahr 1975 von der Orgelbaufirma Gerhard Schmid aus Kaufbeuren erbaut. Sie verfügt über 70 Register, die sich auf 4 Manuale und Pedal verteilen. Die Spieltraktur ist vollmechanisch, die Registertraktur elektrisch.
Im Jahr 2018 wurde die Orgel von der Firma Jann aus Allkofen in Zusammenarbeit mit der Firma Eisenschmid aus Andechs überarbeitet. Dabei wurde das Pfeifenwerk gereinigt sowie ein neuer Spieltisch mit Setzeranlage eingebaut. Bewusst wurde hier auf eine Dispositionsänderung verzichtet, sodass sich die Orgel heute klanglich in ihrer ursprünglichen Form präsentiert.
J. Langlais: Incantation pour un jour saint
Einige Jahre nach der großen Hauptorgel auf der Westempore erbaute die gleiche Firma, Gerhard Schmid aus Kaufbeuren, die Chororgel im Altarraum. Der damalige Chorregent an Mariahilf, Bernward Beyerle, zugleich auch Leiter des berühmten Lassus-Chores, wünschte sich ein Instrument, das gemeinsam mit einem groß angelegten Podest für Chor und Orchester in den Altarraum integriert werden konnte. Die Orgel ist davon allerdings das einzige "Bauteil" welches dauerhaft stehen bleibt und so auch bei vielen anderen Veranstaltung Verwendung findet.
Das Instrument hat zwei Manuale und Pedal, zusätzlich ist ein Koppelmanual vorhanden. Die Orgel besitzt mit 17 Registern eine äußerst kompakte Bauweise und wurde in ähnlicher Form von Gerhard Schmid an verschiedenen Orten gebaut.