Die Pfarrei Hohenlinden wurde im Jahre 1827 durch Aufhebung des Inkuratbenefizismus Hohenlinden und Transferierung des Pfarrsitzes von Mittbach nach Hohenlinden gebildet. Der neuen Pfarrei wurde damals auch der Filialbezirk Preisendorf zugeteilt. Somit gehörten der Pfarrei drei Kirchen an: Kronacker, zu der Zeit die größte der drei Kirchen, Preisendorf und Hohenlinden. Seit 1903 wird das Dorfbild der Pfarrei Hohenlinden von zwei Kirchtürmen beherrscht, von dem neugotischen Nadelturm der Pfarrkirche St. Josef und dem Zwiebelturm der spätmittelalterlichen Kirche Mariä Heimsuchung.
Die Marienkirche ist ein spätgotischer Bau, den der Benediktinerabt Sebastian Häfele vom Kloster Ebersberg während der Jahre 1488/89 errichten ließ. Ihr Schöpfer war der Baumeister des Klosters Ebersberg, Ulrich Randeck.
Die vor über 100 Jahren erbaute Pfarrkirche St. Josef entstand als Gemeinschaftswerk namhafter Münchner Baumeister, Künstler und Kunstwerkstätten, die in der Zeit um 1900 auf dem Gebiet der kirchlichen Kunst eine ausgedehnte Tätigkeit entfalteten. Die neugotische Pfarrkirche wurde von 1901 bis 1903 nach den Entwürfen des Münchner Architekten Hans Schurr errichtet.
Die heutige Filialkirche in Kronacker, welche dem Hl. Johannes geweiht ist, wurde 1725 im Barockstil neu gebaut. Geschichtlichen Aufzeichnungen zu Folge, ist sie das vierte Gebäude an dieser Stelle. Schon um 768 soll an diesem Platz ein kleines, hölzernes Gotteshaus gestanden haben.
Die im Jahre 1827 der Pfarrei Hohenlinden zugeteilte Filialkirche in Preisendorf, welche dem Hl. Stephanus geweiht ist, wurde 1707 umgebaut. Bereits 842 hatte Preisendorf ihre erste Kirche, ebenfalls ein Holzbau.