Bereits im November 1951 wandte sich das Katholische Stadtpfarramt Sankt Peter und Paul München-Feldmoching an die Stadtplanung der Landeshauptstadt mit der Absicht, in Ludwigsfeld eine Kirche mit Pfarrhof zu bauen. Das entsprechende Schreiben enthielt den bemerkenswerten Satz: "Über die seelsorgische Notwendigkeit braucht kein Wort gesprochen zu werden."
Die Planung des Kirchenbaus in der neuen Pfarrkuratie Sankt Anna hatte sich ursprünglich auf die Wohnsiedlung Ludwigsfeld konzentriert, da diese Siedlung in den ersten Nachkriegsjahren bevölkerungsmäßig weit vor Karlsfeld rangierte. Demzufolge wurde das diözesane Planungskonzept auf zwei Kirchenbauten - in Karlsfeld und in Ludwigsfeld - ausgerichtet.
Der im Jahre 1952 für Ludwigsfeld zurückgestellte eigene Kirchenbau drängte trotz der Errichtung der Pfarrkirche Sankt Anna mehr denn je nach einer Lösung, denn Ludwigsfeld wuchs weiter. Verschiedene Nationalitäten brauchten Platz, um am Sonntag in ihrer Muttersprache Gottesdienst zu feiern und auf Dauer konnte der Weg nach Sankt Anna gerade Kindern und älteren Menschen nicht zugemutet werden.
Deshalb wurde 1957 offiziell bei den diözesanen Stellen der Antrag auf die Errichtung einer Kirche in Ludwigsfeld gestellt. Zwei Jahre später fiel die Entscheidung für den Kirchenbau in der Wohnsiedlung Ludwigsfeld; allerdings zunächst nur in Form einer Saalkirche, die zu einem späteren Zeitpunkt als Pfarrsaal hätte dienen können.
Als Schutzpatron wurde - im Hinblick auf die vielen Heimatvertriebenen und die vielen nationalen Gruppen aus Osteuropa - der Heilige Johann Nepomuk gewählt. Am 26. Februar 1961 konnte der Bau schließlich durch Weihbischof Dr. Johannes Neuhäusler geweiht werden. Dieser Kirchweihgottesdienst hatte eine ausgesprochen internationale Prägung, denn er wurde von den Deutschen, den Polen, den Ukrainern, den Ungarn und den Litauern gemeinsam gestaltet. Damit zeigte sich eine Besonderheit von Ludwigsfeld, die bis heute fortbesteht: Die Internationalität und Mehrsprachigkeit in der Liturgie.
Mehr Informationen zur Geschichte der Nebenkirche Sankt Johann Nepomuk enthält die Chronik "50 Jahre Sankt Johann Nepomuk München-Ludwigsfeld", die im Pfarrbüro Sankt Anna erhältlich ist.