Wegen des Anwachsens des Dorfes Öxing und des Marktes Grafing plante man 1873 eine Erweiterung, die dann 1902 ausgeführt wurde. In sieben Monaten wurde die Kirche um 10 m nach Westen verlängert. Da der Hügel an der Stelle jedoch um 3 m abfällt, errichtete Architekt Hans Schurr aus München zunächst eine Unterkirche und eine Vorhalle mit zwei Treppenaufgängen und dann die Verlängerung des Langhauses mit zwei großen Emporen.
Anfang des 20. Jahrhunderts bekam die Kirche eine neue, einheitliche Ausmalung. Der luxemburgische Künstlers Jacques Dasbourg schuf 1914/15 die Deckenfresken mit Szenen aus dem Leben des Hl. Ägidius im Langhaus und einer eucharistischen Anbetung im Chor.
Bei der Renovierung Mitte der Sechziger Jahre erhielt der Hochaltar wieder seine ursprüngliche barocke Fassung. Das hinter dem Hochaltar entdeckte mittlere Chorfenster, das noch aus dem gotischen Vorläuferbau stammt und beim Neubau der Kirche zugemauert worden war, wurde freigelegt, ebenso die ebenfalls entdeckten Fragmente gotischer Fresken.
Seit 2008 wird die Kirche umfassend renoviert. Dabei wurde die komplette Raumschale erneuert, die Deckenfresken gereinigt und gefestigt. Die Altäre samt Figuren und Gemälden wurden restauriert, ebenso die holzsichtigen Einbauten wie Türen, Lektorenbank und Oratoriengitter. Den neuen Ambo, der im Februar 2019 geweiht wurde, entwarf der Grafinger Künstler Robert Weber. Außerdem wurde der vollständig erhaltene Kreuzweg, den Jacques Dasbourg 1914/15 für die Kirche gemalt hatte, neu gerahmt und im Langhaus aufgehängt. Nur noch einige wenige Gemälde und Figuren fehlen.
Stand März 2020