Von 1923 bis 1951 lebten Ettaler Benediktiner im Kloster Fürstenfeld. Das machte ein Instrument für das Chorgebet nötig, daher stiftete ein Fürstenfeldbrucker Geschäftsmann eine Chororgel. Dieses Instrument wurde 1948 von Josef Zeilhuber gebaut und trug auf Wunsch des Stifters den Namen Marienorgel.
Sie hat 25 Register auf zwei Manualen und Pedal. Zwei im Spieltisch vorgesehene Register (Schalmey 4′ und Lieblich Posaune 16′) wurden aus Kostengründen nicht gebaut. Die Orgel wurde mit Kegelladen und elektropneumatischer Spiel- und Registertraktur ausgeführt. Der Spieltisch ist im Chorgestühl integriert. Das Hauptwerk befindet sich unsichtbar dahinter, Oberwerk und Pedal eine Ebene höher auf einem der südlichen Oratorien.
2002–2003 erfolgte auf Anregung des damaligen Kaplans, Markus Gottswinter, eine Restaurierung durch Orgelbau Kaps, Es wurde ein historisches Zungenregister (Horn 8') aus der alten Baumburger Orgel hinzugefügt und die wichtigsten Arbeiten durchgeführt, um das Instrument spielbar zu halten. Der Spieltisch von 1948 wurde beibehalten, ist aber zunehmend störanfällig.
Eine weitergehende Sanierung und ggf. Erweiterung wäre eigentlich - gerade auf dem Hintergrund dessen, dass Fürstenfeld die Mittelpunktskirche des gleichnamigen Pfarrverbands ist - gerade auch für die Liturgie sinnvoll und notwendig.