Bereits in der Diozesanbeschreibung des Bistums Freising unter Bischof Konrad aus dem Jahr 1315 wird Aufkirchen als Pfarrei beschrieben:
Aufkirchen... h(abe)t IIII filias: Innung, duo Dieng, Chaempfing & Notzing.
Diese Angaben besagen, dass Aufkirchen bereits in dieser Zeit religiöses Zentrum für das gesamte Gebiet am Moosrain von Moosinning bis Schwaig war.
Im Jahre 1877 wurde Moosinning zur Expositur erhoben und 1884 zur Pfarrei.
Auch die 1927 zur Expositur erhobene Gemeinde von Niederding und Schwaig wurden 1946 eigenständige Pfarreien. Niederding mit der Filiale Oberding.
Nach der Gebietsreform 1976, bei der die Verwaltungsgemeinde Notzing aufgelöst wurde, folgte auch bei der Kirche eine Verwaltungsreform. Der Priestermangel machte es nötig, die kirchlichen Belange neu zu ordnen.
Die drei Pfarreien Aufkirchen, Niederding und Schwaig wurden 1983 zu einem Pfarrverband zusammengeschlossen. Sitz des Pfarrverbands mit der Verwaltung wurde Aufkirchen. Die Pfarreien behielten ihre volle Eigenständigkeit, lediglich die Verwaltung und das kirchliche Leben werden zentral organisiert.
Vom 1. Februar 1990 bis 31. August 2013 gab es dann ein neues Leitungsmodell mit Diakon Sebastian Lenz, der als Pfarrverbandsbeauftragter die Hauptverantwortung trug. Die geistliche/priesterliche Leitung lag von 2003 bis 2013 nebenamtlich bei Prof. Dr. Pater Christian Kummer SJ.
Seit 1. September 2013 hat mit Pfarrer Philipp Kielbassa wieder ein Priester die Leitung inne.
Aufgrund einer erneuten Reform kam die Pfarrei Eitting St. Georg zum bestehenden Pfarrverband und am 1. Mai 2014 wurde der neue Pfarrverband Erdinger Moos gegründet. Als Sitz war weiterhin Aufkirchen vorgesehen.
Da im Pfarrhaus Aufkirchen jedoch größere Umbau- und Renovierungsmaßnahmen erforderlich sind, ist das Pfarrbüro seit August 2014 vorübergehend im Pfarrhaus Eitting untergebracht.