Die Kirche steht auf dem Gelände eines alten Pestfriedhofs (1. Pest 1349 – 1350, 2. Pest 1634 – 1635). Bezogen auf diese Pandemien findet am 07. Januar jährlich ein Gedenkgottesdienst statt. Patron der Kirche ist Johannes der Täufer, sein Patrozinium findet am 24.Juni statt.
Erbaut wurde die Kirche um 1470 als typisch spätgotischer Bau, was die Spitzbogenfenster und die Kreuzrippen bezeugen. Um den Chor läuft ein spätgotisches Maßwerkfries in Fischblasenform, der Turm ist quadratisch mit vierseitigem geschweiftem Spitzhelm. Im Glockenstuhl hängen die beiden ältesten Glocken der Pfarrei: die größere von 1464 und die kleinere von 1634.
An der Südseite weisen 2 Grabplatten aus dem 15. Jhdt mit Wappensegmenten auf das alte Geschlecht der Julbacher hin, sie sind ein Geschenk vom Kloster Baumburg.
Im Innenraum befindet sich der neu restaurierte Renaissance Altar von 1600, der ursprünglich in der Prälaturkapelle im Kloster Baumburg stand und 1707 nach Stöttham kam. Der ganze Altar weist reiche und vornehm geschnitzte Beschlag- und Grotesk-Ornamentik auf, Saturn- und Löwenmasken, Engelhermen und Früchtegebinde. Es sind an die 50 Engelköpfe zu sehen. Dieses Altarretabel ist von herausragender kunstgeschichtlicher Bedeutung, der in Süddeutschland stilistisch seinesgleichen sucht. In der Altarmitte befindet sich eine gotische Pietà von 1520.
1971 wurde der Altar in wesentlichen Teilen beraubt, eine Aufklärung und Rückführung der geraubten Kunstwerke blieb erfolglos. Durch Stiftungen konnten aber einige Figuren nachgeschnitzt werden. Die sog. Johannesschüssel (Kopf des Johannes des Täufers nach der Enthauptung durch Herodes anno 32 nach Chr.) wurde damals nicht entwendet, das Original befindet sich im Diözesanmuseum in Freising, eine Kopie ist in Stöttham zu sehen.
Öffnungszeiten Kirche:
variabel, je nach Witterung und Jahreszeit
Ansprechpartner:
Mesner - Reinhold Haitzer, Tel: 0170 - 1838566
Kirchenpfleger - Franz Gschwendner