Die Geschichte einer eigenen Seelsorgsgemeinde Strub beginnt erst 1964. Zuvor gehörte die Gnotschaft Engedey zur Gänze und die südliche Strub (der Bach vom Haus „Falleck“ bis zum Haus „Dora“ am Bachinger Weg war Grenzfluss) nach Berchtesgaden. Pastoral betreut wurde dieses Gebiet von den Franziskaner Patres aus Berchtesgaden. Gottesdienste fanden vor allem im alten Schulhaus in der Engedey bis zum Bau der St. Michaels-Kirche statt. Zentraler Seelsorgspunkt war die Franziskanerkirche im Markt. Die Gnotschaft Strub, die ursprünglich nur aus einigen Bauern- und Wohnhäusern bestand, erfuhr eine massive Umgestaltung durch das III. Reich. Sowohl der Bau der Kaserne und Jugendherberge wie die Gebäude der heutigen Insula (ursprünglich als Ertüchtigungsanlage für junge Mädchen erstellt) veränderten das Ortsbild enorm.
Während des Krieges und nach dem Zusammenbruch der Naziherrrschaft dienten diese Bauten als Flüchtlings- und Vertriebenenlager. Vor allem in den 1950er Jahren bemühten sich die früheren wie die neuen Bewohner der Strub um eine Schule und eine Kirche. Durch die Verhinderung eines Verkaufs des heutigen Parkplatzes der Bundeswehr erschienen beide Projekte als undurchführbar. Es ist das Verdienst von Pfarrer Schüller aus Berchtesgaden, dass nach zähen Grundstücksverhandlungen der Kirchenbau trotzdem zu Stande kam.
Die Bundeswehr, die 1957 in die bestehenden Kasernen einrückte, ist und bleibt ein bestehender Faktor für die neue Kirchengemeinde. Sie beteiligte sich an den Kosten des Kirchenbaus mit einem Drittel, so dass die St. Michael-Kirche nicht nur Pfarr-, sondern auch Garnisonskirche ist.
Mit der Gründung der neuen Kirchengemeinde aus den Gnotschaften Strub und Engedey lösten sich kirchlich die letzten Gebietsteile der politischen Gemeinde Bischofswiesen von der Pfarrei Berchtesgaden ab. Pfarrer Schlüter, der von 1961 bis 2002 in der Strub tätig war, schuf in der Strub ein geistliches Zentrum, das viele Gottesdienstbesucher, auch außerhalb des Pfarrgebietes, anzog. Seit März 2000 ist die Strub im Pfarrverband mit Bischofswiesen und Winkl vereint.