Die St. Johann-Nepomuk-Kirche in Winkl verdankt ihren Namen und ihre Entstehung den vielen Heimatvertriebenen, die in der Gnotschaft Winkl eine neue Heimat gefunden haben. Kaplan Walther Gruber bemühte sich von Anfang an (1946), dass die aus ihrem Land vertriebenen Menschen auch geistlich wieder ein Zuhause fanden. Die Brückenarbeit zwischen Vertriebenen und Einheimischen war ohne weiteres nicht möglich. So beschloss die Bistumsleitung, auf Betreiben von Walther Gruber eine Kirche zu bauen und eine neue Kirchengemeinde zu gründen.
Regierungsbaurat Clemens Böhm aus Bad Reichenhall fertigte die Pläne für den Kirchenbau, dessen Grundsteinlegung genau am 50. Geburtstag des früheren Kaplan Gruber (23.07.1961) statt fand. Seine Nachfolger, Johann Wieser und Walter Vothknecht, brachten den ins Stocken geratene Baufortschritt wieder in Gang. Grund für die Verzögerung war die Liturgiereform des erst begonnenen II. Vatikanischen Konzils. Es war plötzlich kein Hochaltar mehr vorgeschrieben. So veränderte man den Apsisbereich dergestalt, dass der mächtige Altar den zentralen Punkt und das große Glasbild den dazu gehörigen optischen Abschluss bilden. Am 14. Juli 1963 weihte Bischof Johannes Neuhäusler das Winkler Gotteshaus.
Die Kirche sollte mit ihren Ausmaßen die größte im künftigen Pfarrverband Bischofswiesen werden. Die Länge misst 25 m, die Breite 12,30 m, die Seitenschiffe haben eine Breite von 9 m und sind 6,40 m tief. Die Grundform der Kirche bildet ein T-Kreuz, dessen Längs- wie Querbalken je 25 m lang sind. Auch der Turm macht Winkl alle Ehre. Die Grundfläche ergibt sich aus 7,50 m x 7,50 m, die Höhe bis zur Zwiebelspitze kommt auf 42,50 m. Absolut sehenswert ist das Apsisfenster mit einer Höhe von 13 m: Melchisedek mit Brot und Wein, die Erschaffung von Adam und Eva, sowie das Opfer Abrahams sind im unteren Bereich dargestellt. Korbinian, die Verkündigung Mariens und Johannes Nepomuk bilden die mittlere Sequenz. Christus, als erhöhter König, und die serafischen Engel schließen mit dem Dreifaltigkeitssymbol nach oben ab. Ludwig Demeter aus Bad Reichenhall hat diesen Kunstschatz gestaltet. Altar, Kreuzweg und Portal stammen von Hans Richter. Der Tabernakel ist aus der Werkstatt von Erhard Hössle aus München. Die Madonna wie die St.-Johann-Nepomuk-Figur sind spätere Zukäufe.
Dass als Patron St. Johann-Nepomuk gewählt wurde, ist mehr als verständlich. War doch der böhmische Generalvikar ein ganz großer Heiliger, der in dem Gebiet gelebt hat, aus dem die meisten Vertriebenen stammen. So bildet der Brückenheilige eine wirkliche Brücke von der alten zur neuen Heimat.