Die Geschichte der Pfarrgemeinde beginnt mit dem Bau der Herz-Jesu-Kirche (1924 – 26). Ein zweiter wichtiger Schritt war sicher der Erwerb der ehemaligen Pension Dinzler als Pfarrhaus (1927), das nur durch eine hohe Schuldenaufnahme zu finanzieren war. Es dauerte aber noch sieben Jahre bis Bischofswiesen als Expositur eine gewisse Eigenständigkeit erhielt (1934). Dem neuen Seelsorgsgebiet wurden die Gnotschaften Bischofswiesen, Winkl und Loipl zugeteilt, hinzu kamen Teile von der Strub und der westliche Teil der Stanggaß.
In der Zeit des Nationalsozialismus gab es nur wenig Spielraum für bekennende Christen, so auch für Pfarrer Ametsbichler. Es war aber eine große Freude für ihn, als seine Expositur am 14.12.1944 mit ca. 1800 Katholiken zur Pfarrei erhoben wurde.
Allzu lange sollte diese Freude nicht dauern. Die Heimatvertreibung (1946) brachte die Gemeinde Bischofswiesen an ihre Belastungsgrenze. Von ca. 3600 (1939) stieg die Einwohnerzahl bis 1951 auf 8700 an. Der eigens für die Heimatvertriebenen beauftragte Kaplan Walter Gruber erkannte, dass für die Menschen, die ihre Heimat verloren hatten, eine eigene Gemeinde der beste Weg zur Integration sei. So wurde 1963 der südliche Teil der Pfarrei (Böcklweiher, Bachingerlehen, Schönbichl und Süßenbrunn) der neu gegründeten Kuratie Strub zugeschlagen. Winkl ist seit 1964 eine eigenständige Seelsorgseinheit.
Dem verdienten Seelsorger Josef Ametsbichler, der 1966 nach 46 Dienstjahren in Bischofswiesen in den verdienten Ruhestand ging, folgte Pfarrer Joseph Stöhr aus Aufham (bei Anger) nach. Kurz vor Abschluss der 1. Kirchenrenovierung verstarb dieser überraschend im Oktober 1976.
Den in Winkl lebenden Jugendpfarrer und Pfarrvikar Karl Hofherr beauftragte das Erzbischöfliche Ordinariat mit der Leitung der Mutterpfarrei und seiner damaligen Wohnortgemeinde im September 1977. Bis zu seinem Abschied im August 1992 führte er beide Pfarreien gemeinsam. Sein Nachfolger, Andreas M. Zach, begann im September 1993 seinen Dienst. Im März 2000 wurde aus dem Seelsorgsverbund Bischofswiesen und Winkl der Pfarrverband mit der Strub gegründet.
Zur Zeit beherbergt die Kirchengemeinde ca. 2200 Katholiken.