Laut der Legende ereignete sich in Kleinhelfendorf 652 der Tod des hl. Emmeram, nachdem er von seinen Peinigern gemartert worden war. Um 722 wurde hier ein Holzkirche unter Bischof Erembert von Freising errichtet, die wenig später im Jahre 804 als Eigenkirche der Abteil Tegernsee beurkundet wurde. Für das 9. Jahrhundert ist ein karolingischer Königshof für Kleinhelfendorf überliefert, wodurch sich erklärt, dass Kaiser Otto I, nun ein Liudolfinger, 940 den Ort dem Emmeramskloster in Regensburg schenkt. Wie lange der Ort im Besitz des Klosters blieb, ist ungewiss, es wäre aber möglich, dass noch die Regensburger den Tuffsteinquaderbau des 12. Jahrhunderts hier errichteten. Teile dieses Baus haben sich im Langhaus und im Turmunterbau bis heute erhalten. Im Jahre 1377 schließlich wurde eine Taverne, also ein Brunnen durch die bayerischen Herzöge bezeugt, der wahrscheinlich schon viel früher existierte und sicherlich zur Wallfahrtsbewegung nach Kleinhelfendorf geführt hatte. Der nördliche der Pfarrkirche gelegene Brunnen ist heute mit einer kleinen Kapelle überbaut. Im 15. Jahrhundert scheint die Steinkirche zu klein geworden zu sein, denn ab 1466 wurde erweitert: man errichtete einen spätgotischen Chor und verlängerte das Langhaus nach Westen, um mehr Wallfahrer aufnehmen zu können. Zudem ergänzte man im Westen ein chorartiges Vorhaus. Als Baumeister könnte Alexander Gugler aus Helfendorf fungiert haben. Dieser Bau bestand in der Gestalt an die 200 Jahre, bis 1668 Konstantin Pader die Kirche im barocken Stil umbaute. Er erhöhte das Langhaus, den Chor und die Vorhalle und wölbte alle Raumteile neu ein. Zudem errichtete er eine neue Sakristei und einen Turm. Der überbordende Stuck wurde um 1680 nach Entwürfen von Pader angefertigt und 1783 erfolgte eine farbige Ausgestaltung der Stuckierungen durch Kaspar Weidinger aus Vagen. Über die Jahrhunderte fanden mehrere Restaurierungen statt, momentan wird eine solche Maßnahme geplant.
Die hohe und kompakte Kirche erhebt sich in einem unmauerten Friedhof inmitten des Dorfes. Im Osten schließt sie mit einem eingezogenen, polygonal schließenden Chor, der niedriger ist als das vierjochige Langhaus. Dem gegenübergestellt ist das ebenso polygonal schließende Vorhaus im Westen, wodurch der Bau nach außen eine Doppelchörigkeit vermittelt. Belichtet wird die Kirche durch oben und unten abgerundete Fenster und darüberliegende Ochsenaugen. Der Turm setzt im Süden an das östliche Langhaus an und besitzt im unteren Teil massive, quadratische Stockwerke, bevor die beiden oberen Geschosse zum Achteck wechseln, die von einer Zwiebel bekrönt werden.
Im Inneren unserer wunderschönen Kirche.
Im Inneren weitet sich der einheitliche Saalbau, der mit einer Stichkappentonne überwölbt ist. An den Wänden gliedern Pilaster mit korinthischen Kapitellen. Die gesamte Raumschale ist mit einer reichen Stuckdekoration geschmückt, die aus vermutlich zwei Phasen stammt. Nach 1670 brachte man zunächst nach den Plänen Paders geometrischen Felderstuck in Miesbacher Manier an und gegen Ende des 17. Jahrhunderts wurde diese Gestaltung durch plastische, figürliche Motive bereichert. Am Chorgewölbe ist die körperhafte Halbfigur des hl. Emmerams zu sehen und im Langhaus beeindruckt die Darstellung der Himmelskönigin auf der Mondsichel. Engel und üppiges Akanthusblattwerk zierten die übrigen Felder. Im Chor lenkt das mächtige, barocke Säulenauszugsretabel die Blicke auf sich. Der Entwurf stammt von Andreas Leisperger und es datiert auf 1679.
In der Mittelnische thront die spätgotische Skulptur des hl. Emmeram, die Erasmus Grasser zugeschrieben wird. Engel tragen seine Attribute (Messer und Marterbeil sowie Bischofsstab). An den Seiten stehen ihm die barocken Skulpturen der hll. Georg und Sebastian bei. Mittig am Auszug erscheint Gottvater im Oval und seitlich auf dem Giebel lagern die hll. Petrus und Paulus. Oben mittig steht Erzengel Michael mit dem Flammenschwert und der Seelenwaage. Die Seitenaltäre stammen aus derselben Zeit und zeigen einen ähnlichen Aufbau wie der Choraltar. Anstelle einer Skulptur sind hier aber Gemälde als zentrale Darstellung zu sehen. Im Norden sind es die hll. Matthäus und Barbara, die die Gottesmutter verehren und am Auszug ist der Erzengel Raffael zu sehen. Im Süden verehren die hll. Laurentius und Christophorus die heiligste Dreifaltigkeit und am Auszug tritt der hl. Florian auf. Bemerkenswert ist zudem die doppelstöckige Empore im Westen, an deren unterer Brüstung neun Gemälde zum Leben des hl. Emmeram aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts angebracht sind. Im ersten östlichen Joch an der Südmauer des Langhauses hängt die barocke Kanzel, die Hans Berberich aus Aibling 1672 geschaffen hatte und die über den Turm erklommen werden kann. An der Brüstung sind Engelsköpfchen in Felderungen eingefügt und auf dem Schalldeckel steht der hl. Johannes der Täufer. Im Chor beeindruckt das überaus aufwendig geschnitzte Chorgestühl, das man für die barocke Umgestaltung anfertigte. Erwähnt sein soll außerdem das Relief mit dem Tod Mariens, das um 1520 entstand und somit aus der Vorgängerkirche stammt und die Büste der hl. Anna mit Maria im Stil des Rokokos von 1770. Der Kreuzweg von 1745 wurde vom Helfendorfer Wirt Georg Messerer gestiftet. Besonders schön sind auch die Tragstangen mit Leuchterengeln mit der Darstellung einer Pietà, die schon Mitte des 18. Jahrhunderts bei Prozessionen mitgetragen wurde.