Schon um 1850, als Achdorf rund 1400 Einwohner hatte, erwies sich die alte Kirche allmählich als zu klein. Doch der Bau eines neuen Gotteshauses ging aus finanziellen Gründen nicht. So konstituierte sich 1889 – nachdem die Gemeinde schon vorher einen Baufonds angelegt hatte – der Kirchenbauverein, der bis 1951 bestand. Schon 1906 konnte man sich an die nähere Planung einer neuen Kirche machen und im August 1909 erfolgte die Grundsteinlegung für den vom Regensburger Architekten Heinrich Hauberrisser geplanten Bau einer neubarocken Kirche. Als das Gotteshaus am 3. November 1911 fertig dastand, hatte Achdorf eine weithin sichtbare Zierde gewonnen, aber die Kassen waren leer, so dass man mit der Innenausstattung nicht mehr so rasch vorankam. Der Erste Weltkrieg brachte den Ausbau schließlich vollends zum Stillstand und erst am 19. November 1922 konnte Kardinal Faulhaber die Konsekration vornehmen.
Die neubarocke Pfarrkirche St. Margaret ist zeitlich eines der letzten Beispiele des der abendländischen Bautradition verpflichteten Historismus. So entstand eine geräumige Kirche aus Langhaus mit vier Jochen, breitem Querschiff und Chor und einem Turm auf quadratischem Grundriss in vier Stockwerken mit charakteristischer barocker Haube.
Der Innenraum besticht durch die Einheitlichkeit der Ausstattung, durch seine Helligkeit und Weite. Er wird durch Jochpilaster gegliedert, die mit Kompositkapitellen abschließen, über denen sich ein mehrfach abgesetzter Gesimsteil hinzieht, aus dem die Gewölbegurte wachsen. Ähnlich wie hier sind auch die über den Eckpilastern der Vierung aufsteigenden Gurtbögen mit Feldern versehen, die von Ranken, Rollwerk und Gehängen gerahmt sind und offensichtlich dazu bestimmt waren, einen Zyklus von Malereien aufzunehmen. Der Anlage nach sollten wohl auch die flache Vierungskuppel und die großen Wandflächen mit Gemälden geschmückt werden.
Der 1913/14 nach dem Entwurf Hauberrissers von dem Regensburger Bildhauer G. Schreiner gefertigte Hochaltar ist flankiert von zwei hellen Rotmarmorsäulen, auf denen eine vorgezogene Bogenblende ruht. Der Altar scheint auf diese Weise in einer rundum vom einfallenden Licht des Chorfensters erhellten Nische zu stehen. Der den ganzen Kirchenraum beherrschende Aufbau wird anstelle eines Oberbildes von dem schwungvollen Relief des Erzengels Michael mit erhobenem Schwert als Bezwinger des gestürzt hingestreckten Luzifers bekrönt.
Das Altarbild, eine Kopie von Kunstmaler Kaseder aus Rotthalmünster nach dem Original in der alten Kirche, stellt die hl. Margareth als Beschützerin Achdorfs dar. Die in Doppelpaaren angeordneten überlebensgroßen Assistenzfiguren der Heiligen Aloisius, Josef und Urban und Johannes des Täufers sind in Elfenbeinton und Gold gehalten. Der reich verzierte und vergoldete Tabernakel wird von zwei Engeln beschützt.
Die 1930 von Jakob Adlhard in Hallein geschaffenen Seitenaltäre sind in Aufbau und zurückhaltender Marmorierung in rötlichen und blauen Tönen dem Hochaltar angeglichen und vereinigen sich mit diesem zu einer imponierend in die Architektur eingefügten Gesamtwirkung.
Die rot-grau marmorierte Kanzel zeigt in den Polygonfeldern die vergoldeten Reliefs der vier Evangelistensymbole, der Deckel den heiligen Geist als Taube und Christus als Auferstandenen.
Die Orgelempore mit frühen Jugendstilelementen an der Frontseite ist getragen von gelbmarmorierten Säulen; die 1937 von Hans Haas in München gebaute Orgel enthält an dem von Jakob Streifeneder gefertigten Prospekt Schnitzereien des Bildhauers Georg Stromer.
Die Entwürfe für die schlichten aber stilvollen Stuhlwangen, der Apostelleuchter, der schmiedeisernen Türchen an der Kommunionbank und der Weihwasserbecken stammen von Hauberrisser.
Als erfreuliche Einzelstücke sind erwähnenswert die realistisch gemalten Kreuzwegstationen, deren Rahmen mit originalen Rokokoaufsätzen aus der Friedhofskapelle von Pilsting stammen, die kunstvoll geschmiedete Aufhängung der Messglocke und das aus graugelbem Kalkstein gehauene Taufbecken.