Die Pfarrei Allerheiligen ist im Vergleich zu anderen Münchener Gemeinden noch relativ jung.
Am 1. Juli 1920 wurde der östlich der Leopoldstraße gelegene Teil Schwabings von der Pfarrei St. Ursula, die damals 40.000 Mitglieder zählte, abgetrennt und unter dem Namen St. Sylvester als Kuratie errichtet. Zu ihr gehörte auch die nach dem Ersten Weltkrieg entstandene Arbeitersiedlung „Alte Heide“ gegenüber dem Nordfriedhof.
Dort wurde 1922 auf Anregung von Kurat Ernst Fiedler eine etwa 30 qm große Waschküche im Verwaltungsgebäude Echinger Straße 25 angemietet. Darin wurde jahrelang am Sonntag für diese „gottverlassene Gegend“ Gottesdienst gehalten. Zuerst waren es nur knapp 25 bis 30 Personen, die zur Messe kamen. Aber die Gemeinde wuchs und im August 1923 erwarb Stadtpfarrer Ernst Fiedler ein frei gewordenes Gärtnergrundstück an der Ungererstraße 131 und im Pflanzenkeller des Gärtnerhauses wurde eine Notkirche eingerichtet.
Nach einer Pfarrmission 1926 wurde Kaplan Ludwig Huber mit der Seelsorge für die Alte Heide beauftragt und so waren die Voraussetzungen geschaffen für die Errichtung eines eigenen Seelsorgebezirks.
Am 1. Mai 1927 konnte die „Kuratie Allerseelen“ errichtet werden, mit bis dahin ca. 4000 Katholiken. Der Name wurde von Kardinal Faulhaber mit Rücksicht auf den nahegelegenen Friedhof gewählt.
Der größte Teil unter ihnen Arbeiter, die in den nahegelegenen Fabriken BMW, Krupp und Maffei beschäftigt waren. Die wirtschaftliche Not jener Jahre wurde durch die zunehmende Arbeitslosigkeit ins Unerträgliche gesteigert. Nach einer vom Schulleiter erstellten Statistik waren 1928 bereits 70% der Familienväter dieser Schulkinder ohne Erwerb. Damals bedeutete das praktisch: zu hungern. Dennoch ließ die Gemeinde gegenüber der Aussegnungshalle des Nordfriedhofs (die heutige Griechisch-Orthodoxe Allerheiligenkirche) eine Notkirche, die „Allerseelenkirche“, errichten, die 1929 geweiht wurde.
Im Juni 1936 wurde die Pfarrkuratie von Kardinal Faulhaber zur Stadtpfarrei „Allerseelen“ erhoben und der bisherige Kurat Ludwig Huber zum ersten Stadtpfarrer ernannt.
Nach dem Zweiten Weltkrieg gestatteten die Münchener Stadtplaner nicht, die Allerseelenkirche auszubauen. Kardinal Joseph Wendel beschloss nach einem Besuch des Münchner Nordens im Frühjahr 1954 den Bau einer neuen, nördlicher gelegenen Pfarrkirche. Der ehemalige Sportplatz von St. Sylvester bot sich an der Ungererstraße stadtauswärts an. Der Architekt Karl Kergl entwarf die Pläne für die neue Kirche.
Die Grundsteinlegung erfolgte am 9. Dezember 1956 durch Weihbischof Dr. Johannes Neuhäusler. In gewisser Weise könnte man auch sie als „Notkirche“ bezeichnen: Die Not der Zeit hat ihr den Stempel aufgedrückt. Zudem war man sich damals eines neuen Baustils noch nicht so sicher; es fehlte an Erfahrung mit den aufkommenden Baumaterialien Beton und Eisen; die finanziellen Mittel waren wegen der Währungsreform und der vielen in München neu zu erbauenden Kirchen knapp.
Am 17. November 1957 feierte die Gemeinde die Weihe ihrer Allerheiligenkirche durch Kardinal Wendel.