Nach der Säkularisation kam im Jahr 1917 die Pfarrei Erharting vom Fürstbistum Salzburg zum neu gegründeten Erzbistum München und Freising.
Töging gehörte zur Pfarrei Erharting, bis zum 16. Dezember 1922 Töging St. Johann Baptist zur selbstständigen Pfarrei erhoben wurde. Pfarrer Kasper Marschall wurde mit der Seelsorge der noch jungen Pfarrei beauftragt. Er kaufte bereits 1937 einen Baugrund in der Stammarbeiter-Siedlung zur Errichtung einer neuen Kirche.
Auf Verlangen damaliger politischer Kräfte musste dieses Grundstück am 13. Juli 1939 wieder abgegeben werden.
Erst am 21. März 1951 konnte - der durch Pfarrer Marschall erworbene Baugrund am Wittelsbacher-Platz - durch die Kirchenverwaltung St. Johann Baptist um 5000,- DM von der oberbayrischen Heimstätte erworben werden.
Schon am 27. August 1951 erfolgte der erste Spatenstich zur Errichtung der Kirche St. Josef. Am 23. September 1951 folgte die Grundsteinlegung durch Weihbischof Dr. Anton Scharnagl, der ein Jahr später – am 21. September 1952 – die Einweihungsfeier der St. Josef-Kirche vollzog.
Der Pfarrhof wurde Ende 1955 fertiggestellt.
Kurat Josef Rosenegger wurde am 1. Januar 1956 mit der Errichtung der neuen Seelsorgestelle Töging St. Josef beauftragt.
Am 1. Mai 1956 wurde St. Josef zur selbständigen Pfarrkuratie erhoben, am 1. August 1959 folgte die Erhebung zur Pfarrei.
Kurat Josef Rosenegger übernahm als erster Pfarrer die Pfarrei St. Josef. Er verließ die Pfarrei 1964, ihm folgte Pfarrer Josef Hofmann.
Am 4. Juni 1975 hat Pfarrer Gottfried Wagner die Pfarrei übernommen, die am 01. Dezember 1989 mit der Nachbarpfarrei Erharting zu einem Pfarrverband zusammengeschlossen wurde. Auch nach seinem Eintritt in den Ruhestand zum 31. August 2012 blieb er blieb er der Pfarrei bis Ende 20217 als Seelsorgemithilfe erhalten. Pfarrer Wagner verstarb am 4. September 2022 im Alter von 82 Jahren.
Von 1. September 2012 war Albert E. Lang Pfarradministrator von St. Josef und von 12. Oktober 2014 bis 31. Juli 2019 Leiter des neu gegründeten Pfarrverbands Töging-Erharting.
Seit September 2020 wirkt Pfarrer Piotr Wandachowicz als Leiter des Pfarrverbands Töging-Erharting.