Die Anfänge des Päpstlichen Rates zur Förderung der Einheit der Christen sind eng mit dem Zweiten Vatikanischen Konzil verbunden. Es war der Wunsch von Papst Johannes XXIII., die Beteiligung der katholischen Kirche an der ökumenischen Bewegung zu einem Hauptanliegen des Konzils zu machen. Daher schuf er am 5. Juni 1960 ein "Sekretariat zur Förderung der Einheit der Christen" als eine der vorbereitenden Konzilskommissionen und ernannte Kardinal Augustin Bea zu dessen Präsidenten. Dies war das erste Mal, dass der Heilige Stuhl ein Amt errichtete, das ausschließlich ökumenische Fragen behandeln sollte.
Zunächst war es die Hauptaufgabe des Einheitssekretariates, auf die anderen Kirchen und Christlichen Weltgemeinschaften zuzugehen, Beobachter zum Zweiten Vatikanischen Konzil zu entsenden. Aber bereits vor Beginn der ersten Sitzungsperiode des Konzils (1962) entschied Papst Johannes XXIII., dass das Einheitssekretariat denselben Rang wie die Konzilskommissionen haben sollte. So hatte dieses die Federführung bei der Vorbereitung und Ausarbeitung der Konzilsdokumente über den Ökumenismus
(Unitatis Redintegratio), über das Verhältnis zu den nicht-christlichen Religionen
(Nostra Aetate) und über die Religionsfreiheit
(Dignitatis Humanae). Und gemeinsam mit der Glaubenskommission arbeitete es bei der dogmatischen Konstitution über die Göttliche Offenbarung
(Dei Verbum) mit.
1963 bestimmte der Papst, dass das Einheitssekretariat aus zwei Sektionen bestehen sollte, von denen die eine die Kontakte mit den Orthodoxen Kirchen sowie den Orientalisch Orthodoxen Kirchen, die andere die Kontakte mit den Konfessionen des Westens pflegen sollten.
1966 bestätigte Papst Paul Vl. nach dem Ende des Konzils das Einheitssekretariat als permanente Einrichtung des Heiligen Stuhles. Kardinal Bea blieb dessen Präsident bis zum seinem Tod im Jahre 1968. Im Jahr darauf folgte ihm Kardinal Johannes Willebrands im Amt des Präsidenten, der zwanzig Jahre später mit seiner Emeritierung zum Ehrenpräsidenten ernannt wurde. 1990 wurde Kardinal Edward Idris Cassidy Präsident des Einheitsrates.
Mit der Apostolischen Konstitution "Pastor Bonus" vom 28. Juni 1988 wandelte Papst Johannes Paul II. den Namen des Einheitssekretariates in
Päpstlicher Rat zur Förderung der Einheit der Christen (Einheitsrat) um. Diese Änderung trat mit Wirkung vom 1. März 1989 in Kraft.
(siehe:
Päpstlicher Rat zur Förderung der Einheit der Christen (vatican.va))