Erste Aufzeichnungen von Taufen und Trauungen sind bereits in der Antike bezeugt, doch ist über ihr Aussehen nichts Näheres bekannt. Im späten Mittelalter wurden in einzelnen Bistümern Europas schon Matrikeln im heutigen Sinn geführt. Für den bayerischen Raum beginnt die Geschichte der Matrikelführung jedoch erst nach dem Konzil von Trient (1545-1563).
Im Bistum Freising wurden die ersten Matrikelbände im Jahr 1576 angelegt. Taufbücher, Trauungsbücher und Sterbebücher bilden von Anfang an die drei Hauptgattungen der Matrikeln. Dazu kamen im Verlauf der Zeit Seelenstandsregister, Sponsalienbücher, Firmbücher sowie Familienbücher.
Die Führung der Pfarrmatrikeln war und ist Aufgabe des Pfarrers. Sie umfassen immer nur die Einträge für die jeweilige Pfarrei, manchmal auch nur für einen Filialbezirk. Die Sprache der Einträge ist bis in die Zeit um 1800 in der Regel Latein, danach Deutsch. Trotz bestehender kirchlicher Vorschriften war die Form der Einträge lange sehr unterschiedlich. Auch die Formate der Matrikelbände variierten sehr stark. Erst nach 1800 setzte eine Standardisierung durch die Verwendung gedruckter Formulare ein. Viele Matrikelbände sind durch (zeitgenössisch oder nachträglich angelegte) alphabetische Namensregister erschlossen.
1803 machte der bayerische Staat die Pfarrmatrikeln zugleich zu amtlichen Personenstandsregistern und erließ Vorschriften zu deren Führung. Diesen Doppelcharakter als kirchliche und staatliche Aufzeichnungen verloren die Matrikeln wieder durch die Einführung staatlicher Standesämter im Jahr 1876. Seitdem sind die Pfarrmatrikeln wieder rein kirchliche Amtsbücher.
Eine ausführliche Darstellung zur Geschichte der Matrikelführung finden Sie hier.