Der um 1112 geborene Babenberger Otto gehörte dem europäischen Hochadel an: Markgraf Leopold III. von Österreich war sein Vater, der deutsche König Konrad III. sein Halbbruder und Kaiser Friedrich Barbarossa sein Neffe. Schon als Kind für eine hohe geistliche Laufbahn bestimmt, trat er jedoch nach Studium in Paris und Chartres in den jungen und strengen Zisterzienser-Orden ein. 1138 wurde er Abt des burgundischen Klosters Morimond, doch schon kurz darauf – sicher mit Zutun König Konrads – zum Bischof von Freising bestellt.
In einer Zeit großer politischer Spannungen galt seine Sorge der Sicherung von Rechten und Besitz seines Bischofsstuhles. Doch sah er sich in erster Linie Seelsorger, der sich um die Priesterausbildung, die pastorale Betreuung des Volkes und die Reform bzw. Neugründung von Klöstern im Bistum kümmerte. Als Reichsbischof musste er immer wieder den König auf Reisen begleiten, Reichstage besuchen, Gesandtschaften übernehmen und Streitfälle schlichten. 1147–1148 nahm er am erfolglosen zweiten Kreuzzug teil.
Vergeblich blieb Ottos Bemühen gegen die Macht der Vögte der Freisinger Kirche aus dem aufstrebenden Geschlecht der Wittelsbacher und gegen die Gewalttat Herzog Heinrichs des Löwen, der 1158 die bischöfliche Zollbrücke bei Föhring zerstörte und nach München verlegte. Bischof Otto starb 46-jährig 1158 auf der Reise zum Generalkapitel des Zisterzienserordens in seinem Professkloster Morimond.
Bleibende Bedeutung erlangte er als Geschichtsschreiber und theologischer Geschichtsdeuter.