Als in der Mitte des 6. Jahrhunderts das Herzogtum Bayern ins Licht der Geschichte trat, herrschte hier unter fränkischer Oberhoheit das christliche Herzogsgeschlecht der Agilolfinger; auch die Bevölkerung dürfte bereits weitgehend christianisiert gewesen sein. Doch erst Herzog Theodo bemühte sich 716 beim Papst um eine feste kirchliche Organisation seines Landes. In diesem Zusammenhang dürfte der zeitweilige Aufenthalt des hl. Korbinian in Freising zu sehen sein.
739 errichtete der hl. Bonifatius im Auftrag Papst Gregors III. das Bistum Freising und die anderen altbayerischen Diözesen Passau, Regensburg und Salzburg; letztere reichte bis 1821 mit ihrem Sprengel bis an den Inn. Das junge Bistum erlebte rasch eine hohe kulturelle Blüte und begann missionarische Aktivitäten im Bereich der ostalpenländischen Slawen. Im ganzen Bistumsgebiet entstanden zahlreiche Kirchen und Klöster. Bis zum Aufbau einer flächendeckenden Pfarrstruktur bedurfte es jedoch noch längerer Zeit.
Vom 13. Jahrhundert bis zur Säkularisation war der Freisinger Bischof zugleich Fürst. Vom Domberg aus herrschten die „Fürstbischöfe“ als reichsunmittelbare Landesherren über ein weltliches Territorium, das aus der Bischofsstadt, der Grafschaft Ismaning, der Herrschaft Burgrain im Isental und dem Werdenfelser Land bestand.
Das späte Mittelalter war geprägt durch einen Reichtum an kirchlicher Kunst und Frömmigkeit, zugleich durch zahlreiche Krisen in Kirche und Gesellschaft. Auch im Bistum Freising gab es intensive Bemühungen zu einer Erneuerung des religiösen Lebens, insbesondere zu einer Reform der Klöster.