Durch das 1817 zwischen Papst Pius VII. und König Max I. Joseph von Bayern geschlossene Konkordat erhielt die bayerische Kirche eine neue, weithin bis heute gültige Ordnung. So trat 1821 das neue Erzbistum München und Freising die Nachfolge der bisherigen Diözese Freising an. Der Bischofssitz wurde in die Hauptstadt München verlegt. Das Bistumsgebiet erfuhr erheblichen Zuwachs.
Als im Verlauf des 19. Jahrhunderts der enge Zugriff des Staates auf die Kirche nachließ, konnte nicht nur religiöses Brauchtum wieder aufleben. Eine Reihe aufgehobener Klöster wurde wieder begründet, und neue Ordensgemeinschaften stellten sich den Bedürfnissen der Zeit, indem sie seelsorgliche, soziale, missionarische und Bildungsaufgaben übernahmen. Bevölkerungswachstum und Verstädterung forderten die Errichtung neuer Pfarreien und Kirchen. Kirchliche Vereine und Verbände begannen ihr Wirken in unterschiedlichsten gesellschaftlichen Bereichen. Sozial- und Bildungseinrichtungen entstanden. Zugleich forderten wirtschaftliche und soziale Veränderungen die Seelsorge heraus.
Die 35-jährige Amtszeit von Erzbischof Michael Kardinal von Faulhaber (1917-1952) reichte von der Monarchie bis in die Anfangsjahre der Bundesrepublik Deutschland und umfasste fast alle politischen Krisen des 20. Jahrhunderts, insbesondere die NS-Diktatur und den Zweiten Weltkrieg.
Hauptthema des Wirkens von Julius Kardinal Döpfner (1961-1976) als Erzbischof wie als Moderator des Zweiten Vatikanischen Konzils und als Vorsitzender der Deutschen Bischofskonferenz war die Erneuerung der Kirche angesichts der modernen Welt. Die Herausforderung, geeignete Formen und Strukturen der Seelsorge zu finden, hat sich seither durch Priestermangel und Mitgliederschwund noch verstärkt. Im Jahr 2024 kämpft das Erzbistum mit Vertrauensverlust im Zuge der Missbrauchs-Krise und blickt zugleich auf eine 1.300-jährige Glaubenstradition zurück.