Der Wahlspruch von Rupert Graf zu Stolberg für sein Bischofsamt lautet »Spiritus virtutis, dilectionis et sobrietatis«. Er ist aus dem 2. Timotheusbrief entlehnt: »Denn Gott hat uns nicht einen Geist der Verzagtheit gegeben, sondern den Geist der Kraft, der Liebe und der Besonnenheit.« (2 Tim 1,7).
Symbolerklärung:
Für die Verbundenheit des Weihbischofs mit der Erzdiözese München und Freising steht im ersten Feld das traditionelle Bistumssymbol des Erzbistums, der Freisinger Mohr.
Fisch und Schlüssel sind die Attribute des hl. Benno als Patron der Stadt München, für die Rupert Graf zu Stolberg weiterhin als Bischofsvikar und Weihbischof zuständig sein wird. Der blaue Grund kann hier auch bayerisch gedeutet werden. Der hl. Benno steht zugleich für die Heimat seines Vaters, der, wie der hl. Benno, aus dem Bistum Dresden-Meißen stammt. Der Fisch findet sich zudem im Gesamtwappen des Hauses Stolberg.
Mit dem »Meerstern« (stella maris) wird der Namenspatron des Weihbischofs geehrt, der Selige P. Rupert Mayer, der von 1921 bis 1945 Präses der Marianischen Männerkongregation München war. Die drei Wellen lassen sich aber auch als Hinweis auf die Dreiflüssestadt Passau lesen, in der Rupert Graf zu Stolberg aufgewachsen ist und wo er viele Jahre in einem Marienwallfahrtsort ministriert hat.
Im vierten Feld findet sich das Familienwappen der Grafen zu Stolberg, ein schreitender schwarzer Hirsch auf goldenem Grund.
Der grüne Pontifikalhut mit den Quasten sowie das goldene Vortragskreuz sind die traditionellen Würdezeichen eines Bischofs.
Das Wappen wurde von Dieter Linder entworfen und von Heribert C. Staufer gestaltet.